KVĚTEN 2020

AKTUALIZAČNÍ SERVIS

Aktualizační servis za KVĚTEN si můžete pročíst on-line níže. Pro stažení servisu v pdf můžete použít bílé tlačítko, pokud si chcete servis prohlédnout ve formátu ePub na tabletu nebo smartphonu, použijte černé tlačítko.

Základní shrnutí legislativního vývoje k 31. květnu 2020

Aktuální vydání publikací řady Daňové zákony 2020: Všechny publikace řady Daňové zákony 2020 vyšly v lednu 2020. Novely daňové legislativy z tzv. vládního daňového balíčku byly vyhlášeny ve Sbírce zákonů dne 31. prosince 2019 jako zákon č. 364/2019 Sb. Změny jsou účinné převážně od 1. ledna 2020, výjimky jsou v publikacích zvýrazněny odlišným písmem a výslovně uvedeny v komentářích novel. Ke dni 31. května 2020 byly publikovány především novely, zákony a rozhodnutí související s nouzovým stavem (spotřební daně, evidence tržeb, kompenzační bonus, pojistné, daň z přidané hodnoty, daň z příjmů, daň silniční aj.).

1. Dne 31. prosince 2019 byla ve Sbírce zákonů publikována vyhláška MPSV č. 358/2019 Sb., o změně sazby náhrady za používání silničních motorových vozidel a stravného a o stanovení průměrné ceny pohonných hmot pro účely poskytování cestovních náhrad. Tato vyhláška upravuje mj. tuzemské stravné pro rok 2020 a v průměrných cenách pohonných hmot také uvádí cenu za kilowatthodinu elektřiny. Vyhláška je účinná od 1. ledna 2020.

2. Dne 31. prosince 2019 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 364/2019 Sb., kterým se mění některé zákony v souvislosti se zvyšováním příjmů veřejných rozpočtů. Tento zákon novelizuje mimo jiné zákon o daních z příjmů, zákon o dani z nemovitých věcí a zákon o rezervách pro zjištění základu daně z příjmů nebo zákon o spotřebních daních. Zákon je účinný od 1. ledna 2020. Další informace naleznete v titulech řady Daňové zákony 2020.

3. Dne 13. února 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 33/2020 Sb., kterým se mění zákon č. 90/2012 Sb., o obchodních společnostech a družstvech (zákon o obchodních korporacích), ve znění zákona č. 458/2016 Sb., a další související zákony. Tento zákon novelizuje v části druhé mimo jiné zákon o účetnictví. Zákon je účinný od 1. ledna 2021.

4. Dne 26. února 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 45/2020 Sb., o zamezení dvojímu zdanění ve vztahu k Tchaj-wanu. Práva a povinnosti v oblasti daní z příjmů ve vztahu k Tchaj-wanu nebyly až do přijetí tohoto zákona speciálně upraveny, neboť území Tchaj-wanu není Českou republikou uznáno za stát, a proto s ním nebylo možné uzavřít mezinárodní smlouvu o zamezení dvojímu zdanění. Problematika dvojího zdanění a zabránění daňovým únikům v oboru daní z příjmů ve vztahu k Tchaj-wanu byla tedy vyřešena jednostranným přijetím vnitrostátního zákona s tím, že se předpokládá reciproční opatření ze strany Tchaj-wanu. Zákon je účinný od 12. března 2020.

5. Dne 16. března 2020 bylo v částce 4 Finančního zpravodaje pod č. 4 publikováno Rozhodnutí o prominutí příslušenství daně a správního poplatku z důvodu mimořádné události a pod č. 5 Pokyn č. GFŘ-D-44 k promíjení úroku z prodlení, úroku z posečkané částky a pokuty za nepodání kontrolního hlášení. Oba dokumenty reagují na vyhlášení nouzového stavu v České republice.

6. Dne 24. března 2020 bylo v částce 5 Finančního zpravodaje publikováno pod č. 6 Rozhodnutí o prominutí příslušenství daně, zálohy na daň a správního poplatku z důvodu mimořádné události a pod č. 7 Rozhodnutí o prominutí úroku z prodlení, který vznikl z důvodu opravy zálohy na daň/daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti provedené plátcem daně podle § 38i zákona o daních z příjmů v případě zpětného prokázání povinného zahraničního pojištění poplatníka, z důvodu nesrovnalosti vyplývající z uplatňování daňových zákonů. První rozhodnutí reaguje na vyhlášení nouzového stavu v České republice.

7. Dne 27. března 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 134/2020 Sb., kterým se mění zákon č. 592/1992 Sb., o pojistném na veřejné zdravotní pojištění, ve znění pozdějších předpisů. Zákon byl přijat ve zkráceném schvalovacím procesu a upravuje prominutí záloh na pojistné osobám samostatně výdělečně činným za část roku 2020. Zákon je účinný od 27. března 2020.

8. Dne 27. března 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 136/2020 Sb., o některých úpravách v oblasti pojistného na sociální zabezpečení a příspěvku na státní politiku zaměstnanosti a důchodového pojištění v souvislosti s mimořádnými opatřeními při epidemii v roce 2020. Zákon byl přijat ve zkráceném schvalovacím procesu a upravuje prominutí záloh na pojistné osobám samostatně výdělečně činným za část roku 2020. Zákon je účinný od 27. března 2020.

9. Dne 27. března 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 137/2020 Sb., o některých úpravách v oblasti evidence tržeb v souvislosti s vyhlášením nouzového stavu. Zákon byl přijat ve zkráceném schvalovacím procesu a odkládá zahájení třetí a čtvrté vlny evidence tržeb. Zákon je účinný od 27 března 2020. Zákon byl dále novelizován (viz níže).

10. Dne 31. března 2020 bylo v částce 6 Finančního zpravodaje publikováno pod č. 8 Rozhodnutí o prominutí daně a příslušenství daně z důvodu mimořádné události. Rozhodnutí reaguje na vyhlášení nouzového stavu v České republice a obsahuje osvobození od daně z přidané hodnoty v některých případech a prominutí penále za pozdní úhradu záloh na daň silniční (fakticky odložení splatnosti záloh).

11. Dne 14. dubna 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 159/2020 Sb., o kompenzačním bonusu v souvislosti s krizovými opatřeními v souvislosti s výskytem koronaviru SARS CoV-2. Zákon byl přijat ve zkráceném schvalovacím procesu. Podrobnosti jsme přinesli v mimořádném vydání aktualizačního servisu. Zákon je účinný od 15. dubna 2020. Zákon č. 159/2020 Sb. byl dále novelizován (viz níže).

12. Dne 15. dubna 2020 bylo v částce 7 Finančního zpravodaje publikováno pod číslem 10 Rozhodnutí o prominutí daně z přidané hodnoty a správního poplatku z důvodu mimořádné události. Tímto rozhodnutím se ve stanoveném časovém rozmezí promíjí daň z přidané hodnoty v případě poskytnutí daru poskytovatelům zdravotních služeb, základním složkám integrovaného záchranného systému, Armádě České republiky a zařízením sociálních služeb ať už ve formě bezúplatného dodání zboží nebo poskytnutí služby (například zdravotnického materiálu, občerstvení apod. a to nejen vyjmenovaným subjektům, ale rovněž jejich zaměstnancům, klientům nebo dobrovolníkům, kteří pro ně pracují).

13. Dne 6. května 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 229/2020 Sb., kterým se mění zákon č. 353/2003 Sb., o spotřebních daních, ve znění pozdějších předpisů, v souvislosti s výskytem koronaviru SARS CoV-2. Zákon byl v Poslanecké sněmovně přijat ve zkráceném schvalovacím procesu a následně byl potvrzen Senátem. Smyslem novely je možnost osvobození zlikvidovaného piva (především zkaženého během nouzového stavu) od spotřební daně a možnost doprodeje cigaret s nálepkou obsahující starší sazbu daně po delší dobu. Zákon je s některými výjimkami účinný od 7. května 2020.

14. Dne 7. května 2020 byl ve Sbírce zákonů publikován zákon č. 234/2020 Sb., kterým se mění zákon č. 159/2020 Sb., o kompenzačním bonusu v souvislosti s krizovými opatřeními v souvislosti s výskytem koronaviru SARS CoV-2. Zákon byl v Poslanecké sněmovně přijat ve zkráceném schvalovacím procesu, Senát vrátil předlohu do Poslanecké sněmovny, která potvrdila původní znění. Smyslem novely je prodloužení období, za které mohou osoby samostatně výdělečně činné obdržet od státu podporu v nouzi (tzv. kompenzační bonus ve výši 500 Kč denně). Zákon je účinný od 8. května 2020. Zákon č. 159/2020 Sb. byl dále novelizován (viz níže).

15. Dne 26. května 2020 byl v Poslanecké sněmovně schválen zákon, kterým se mění zákon č. 137/2020 Sb., o některých úpravách v oblasti evidence tržeb v souvislosti s vyhlášením nouzového stavu. Zákon byl v Poslanecké sněmovně přijat ve zkráceném schvalovacím procesu, Senát vrátil předlohu do Poslanecké sněmovny, která potvrdila původní znění. Smyslem novely je prodloužení období, po které nemusí povinné subjekty evidovat tržby, do 31. prosince 2020. Zákon byl ke dni 31. května 2020 již podepsán prezidentem, ale nebyl ještě publikován ve Sbírce zákonů. Zákon bude účinný dnem následujícím po dni zveřejnění ve Sbírce zákonů.

16. Dne 27. května 2020 Poslanecká sněmovna schválila ve zkráceném jednání návrh zákona novelizujícího velmi rozsáhle daňový řád. Původní návrh neprošel legislativním procesem a vláda předložila novelu znovu bez kontroverzních ustanovení. Návrh zákona obsahuje současně novely zákona o dani z přidané hodnoty, zákona o dani z nemovitých věcí, zákona o Finanční správě České republiky a dalších zákonů. Zákon nyní posoudí Senát. Plánovaná účinnost novely je od 1. ledna 2021.

17. Dne 27. května 2020 byl v Poslanecké sněmovně schválen zákon, kterým se mění zákon č. 159/2020 Sb., o kompenzačním bonusu v souvislosti s krizovými opatřeními v souvislosti s výskytem koronaviru SARS CoV-2. Zákon byl v Poslanecké sněmovně přijat ve zkráceném schvalovacím procesu, Senát vrátil předlohu do Poslanecké sněmovny, která potvrdila původní znění. Smyslem novely je poskytnutí kompenzačního bonusu také společníkům malých společností s ručením omezeným a utvrzení skutečnosti, že vyplacený kompenzační bonus nepodléhá exekuci. Zákon byl ke dni 31. května 2020 již podepsán prezidentem, ale nebyl ještě publikován ve Sbírce zákonů. Zákon bude účinný dnem následujícím po dni zveřejnění ve Sbírce zákonů.

19. Dne 29. května 2020 schválila Poslanecká sněmovna návrh zákona, kterým se mění některé daňové zákony v souvislosti s výskytem koronaviru SARS-CoV-2. Zákon byl v Poslanecké sněmovně přijat ve zkráceném schvalovacím procesu, předlohu nyní projedná Senát. Zákon novelizuje zákon o dani z nemovitých věcí, zákon o daních z příjmů, zákon o dani silniční, zákon o spotřebních daních, zákon o dani z přidané hodnoty a zákon o mezinárodní spolupráci při správě daní. Smyslem novel je možnost vrácení daně z příjmů zaplacené v roce 2019 firmám, které budou v roce 2020 v ztrátě, až do výše přibližně šest miliónů korun, snížení sazby daně z přidané hodnoty u ubytovacích služeb, jízdného na vlecích, vstupného na kulturní a sportovní akce, sportoviště a do saun z patnácti na deset procent, zpětné snížení silniční daně o 25 procent pro nákladní automobily nad 3,5 tuny od počátku roku 2020, zkrácení lhůty pro vrácení přeplatku spotřební daně u tzv. zelené nafty z 60 na 40 dnů a možnost obcí osvobodit nemovitosti na svém území od daně v případě mimořádných událostí, jako je například pandemie nebo průmyslová havárie. Plánovaná účinnost zákona je dnem následujícím po dni jeho vyhlášení.

Informace v tomto přehledu jsou řazeny chronologicky podle data schválení nebo zveřejnění nebo účinnosti. V průběhu roku se proto číslování jednotlivých bodů může změnit. V úvodním přehledu jsou zahrnuty také návrhy novel projednaných v ukončeném třetím čtení v Poslanecké sněmovně (ev. následně v Senátu). V případě, že novela není později definitivně schválena, je tato informace uvedena v měsíčním přehledu a v dalším měsíci je již informace o ní z přehledu vyřazena.

Zdroje použité v tomto vydání: publikace řady Daňové zákony 2020, Poslanecká sněmovna, Senát, Sbírka zákonů, Generální finanční ředitelství, Nejvyšší právní soud.

Důležité upozornění: Pokud jste se k odběru aktualizačního servisu přihlásili v průběhu roku a toto vydání aktualizačního servisu jste obdrželi v rámci doposlání všech již vyšlých vydání později než 31. května 2020, platné a nejčerstvější informace o novelách v tomto úvodním přehledu obsahuje vždy výhradě přehled novel z posledního měsíce!


ekračování zákonných hranic pro prodlužování lhůt pro daňové kontroly

Nejvyšší správní soud ve svém nedávném rozsudku 8 Afs 58/2019 rozhodl, že finanční správa nelegálně překračovala délku daňových kontrol, která by za běžných okolností neměla přesáhnout tři roky zpětně. V praxi však nebylo výjimkou, že správce daně prověřoval i deset a více let staré daňové povinnosti podnikatelů. Spor se týkal tzv. řetězení daňových ztrát, na základě kterých některé finanční úřady prodlužovaly lhůty pro daňové kontroly. Deset let stará ztráta však neumožňuje prolomení lhůty pro kontrolu. Nejvyšší správní soud se zabýval případem firmy, která v letech 2008 a 2009 vykázala ztráty, které v následujících zdaňovacích obdobích v souladu se zákonem o daních z příjmů uplatňovala ve svých daňových přiznáních. Spor vznikl kvůli otázce, zda ztrátový rok 2009, a s tím navázaná lhůta na kontroly finančního úřadu, ovlivňuje, tedy prodlužuje, rovněž lhůtu pro kontrolu ztrátového roku 2008. Přelomový rozsudek publikujeme níže v plném znění včetně odůvodnění.

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Milana Podhrázkého a soudců Michala Mazance a Petra Mikeše v právní věci žalobkyně: Heidrive, s. r. o., se sídlem Mrákov-Starý Klíčov 142, zastoupená Mgr. Jiřím Šmatlákem, advokátem se sídlem Jeseniova 1151/55, Praha 3, proti žalovanému: Finanční úřad pro Plzeňský kraj, se sídlem Hálkova 14, Plzeň, ve věci ochrany před nezákonným zásahem žalovaného, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Plzni ze dne 14. 11. 2018, čj. 30 A 167/2018-50, takto:

Rozsudek Krajského soudu v Plzni ze dne 14. 11. 2018, čj. 30 A 167/2018-50, se ruší a věc se vrací tomuto soudu k dalšímu řízení.

Odůvodnění:

I. Vymezení věci

[1] Žalovaný vyměřil žalobkyni za zdaňovací období let 2008 a 2009 daňové ztráty na dani z příjmů právnických osob ve výši 7 458 002 Kč, resp. 8 804 847 Kč. Takto vyměřené daňové ztráty žalobkyně uplatnila jako položku odčitatelnou od základu daně. Ztrátu za rok 2008 uplatnila naposledy ve zdaňovacím období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. V tomto zdaňovacím období uplatnila současně i ztrátu za rok 2009, kterou následně uplatnila i v období (nikoliv zdaňovacím) od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014. Dne 13. 10. 2014 žalovaný u žalobkyně zahájil daňovou kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období let 2008 a 2009, dne 18. 4. 2018 následně zahájil daňovou kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014 a za období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014. Žalovaný tedy u žalobkyně vede dvě daňové kontroly, které se týkají celkem tří zdaňovacích období a období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014.

[2] Žalobkyně považovala daňové kontroly za uvedená období za nezákonný zásah, a podala proto ke Krajskému soudu v Plzni (dále "krajský soud") žalobu, kterou se domáhala zákazu pokračování v těchto kontrolách a obnovení stavu před jejich zahájením, neboť za kontrolovaná období uplynula lhůta pro stanovení daně. Posledním obdobím, za které bylo možné uplatnit daňovou ztrátu za rok 2008, bylo zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Tříletá lhůta pro stanovení daně za posledně zmíněné zdaňovací období tudíž uplynula 1. 7. 2017. Na prekluzi pravomoci stanovit daň nemá žádný vliv zahájení daňové kontroly za dané období dne 18. 4. 2018, ani uplatnění ztráty vzniklé následně i v roce 2009. Nesouhlasila s výkladem § 38r odst. 2 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen "zákon o daních z příjmů"), jehož důsledkem je prodlužování lhůty pro stanovení daně (tzv. řetězení ztrát), v situaci, kdy v průběhu pětileté lhůty pro uplatnění dřívější daňové ztráty dojde ke vzniku další daňové ztráty. Ve vztahu k období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014 a prekluzi zdaňovacího období 2009 tvrdila, že posledním zdaňovacím obdobím, v němž uplatnila ztrátu ze zdaňovacího období 2009, bylo období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Od něj se odvíjí lhůta pro stanovení daně, která skončila 1. 7. 2017. Ke kontrolám zdaňovacích období 2008 a 2009 žalobkyně ještě dodala, že žalovaný je při těchto kontrolách pasivní, doměřovací řízení je nepřiměřeně dlouhé a vznikají v něm průtahy. Činnost žalovaného spočívá v tom, že žalobkyni jednou za několik měsíců vyzve k doložení důkazních prostředků či k prokázání některých skutečností. Žalovaný řízení nevede efektivně a hospodárně. Cílem daňových kontrol za období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014 a od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014 bylo pouze prodloužit možnou dobu prověřování zdaňovacích období 2008 a 2009.

[3] Krajský soud žalobu v záhlaví označeným rozsudkem zamítl, a to jednotlivými výroky ve vztahu ke každé daňové kontrole. Vyšel z toho, že daňovou ztrátu lze odečíst od základu daně v průběhu pěti zdaňovacích období následujících bezprostředně po období, za které byla daňová ztráta vyměřena, a lhůta pro stanovení daně za období, v němž daňová ztráta vznikla, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, za které bylo možné daňovou ztrátu uplatnit (§ 38r odst. 2 téhož zákona). Při určení konce lhůty pro stanovení daně není podstatný okamžik, kdy žalobkyně daňovou ztrátu reálně uplatnila, ale kdy mohla ztrátu uplatnit naposledy. Soud se nejprve zabýval zdaňovacím obdobím 2009. Žalobkyně uplatnila ztrátu za tento rok ve zdaňovacích obdobích od 1. 1. do 31. 12. 2010, od 1. 1. 2011 do 31. 3. 2012, od 1. 4. 2012 do 31. 3. 2013 a od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Dále ji uplatnila v období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014, které však není zdaňovacím obdobím ve smyslu § 21a zákona o daních z příjmů, ale jen obdobím, za které se podává daňové přiznání dle § 38ma citovaného zákona. Posledním zdaňovacím obdobím, v němž bylo možné odečíst daňovou ztrátu za rok 2009, tak bylo až zdaňovací období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015. Od něj se odvíjí lhůta pro stanovení daně nejen za zdaňovací období tohoto roku, ale i pěti předcházejících zdaňovacích období včetně roku 2009. V souladu s § 148 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád (dále jen "daňový řád"), mohla být daň za zdaňovací období roku 2015 (ale i 2009), vyměřena nejpozději do 1. 4. 2019, resp. 1. 7. 2019. Daňová kontrola tak byla zahájena a prováděna ve lhůtě pro stanovení daně. S tím podle krajského soudu úzce souvisí i posouzení zákonnosti daňové kontroly týkající se zdaňovacího období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Jestliže lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2015, která platí pro všechna předcházející zdaňovací období včetně roku 2009, uplyne až v roce 2019, pak daňová kontrola zahájena 18. 4. 2018 byla rovněž prováděna ve lhůtě pro stanovení daně.

[4] K daňové kontrole za zdaňovací období roku 2008 krajský soud uvedl, že žalobkyni vznikla daňová ztráta ve dvou po sobě následujících zdaňovacích obdobích. Rok 2009 byl jednak zdaňovacím obdobím, v němž vznikla daňová ztráta, a jednak i prvním zdaňovacím obdobím, za které mohla žalobkyně uplatnit ztrátu za rok 2008. Pro účely doměření daně za rok 2008 je proto rozhodující režim zdaňovacího období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Tento rok by mohl mít dva režimy (poslední pátý rok pro uplatnění daňové ztráty z roku 2008 a současně čtvrtým rokem pro uplatnění daňové ztráty z roku 2009). Taková dualita však není možná, jelikož by ve vztahu k několika obdobím panovala nejistota stran nejzazšího termínu pro vyměření či doměření daně. Logickým důsledkem je stanovení lhůty podle režimu pozdějšího období (zde roku 2009) i pro období dřívější. I pro rok 2008 proto platí, že nejzazší lhůtou pro stanovení daně je rok 2019. Daňová kontrola za zdaňovací období roku 2008 byla ke dni rozhodnutí soudu prováděna ve lhůtě pro stanovení daně, a nejedná se tak o nezákonný zásah. Ke zbylým námitkám směřujícím proti pasivitě žalovaného a formálnosti daňových kontrol se krajský soud vyjádřil pouze obiter dictum, jelikož žalobkyně v petitu žaloby označila za nezákonnost výlučně to, že daňové kontroly byly zahájeny po uplynutí lhůty pro stanovení daně za daná zdaňovací období. Sama žalobkyně tvrzenou formálnost vyvrací tím, že popisuje řadu úkonů, které žalovaný učinil ve lhůtě pro vyměření daně za roky 2008 a 2009.

II. Obsah kasační stížnosti

[5] Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (dále "stěžovatelka") kasační stížnost, v níž nejprve rozporuje posouzení prekluze za rok 2009, resp. za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž vznikla, stejně tak jako za zdaňovací období, ve kterém byla ztráta reálně uplatněna, skončí současně se lhůtou za poslední zdaňovací období, ve kterém došlo ke skutečnému uplatnění daňové ztráty. Podle stěžovatelky nelze § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů vykládat čistě gramaticky, ale je nutné přihlížet ke smyslu a cíli právní normy, resp. k úmyslu zákonodárce. Výklad krajského soudu nepřiměřeně zasahuje do jejích majetkových práv. Zákon sice stanovuje, že daňovou ztrátu lze uplatnit "nejdéle" v následujících pěti zdaňovacích obdobích, pokud ji ale daňový subjekt uplatní hned v prvním roce po jejím vzniku, nemůže ji již uplatnit ve zbývajících čtyřech letech. Právo daňového subjektu je tím "zkonzumováno". Pokud by bylo úmyslem zákonodárce zakotvit absolutní počet zdaňovacích období pro uplatnění ztráty bez ohledu na fakticitu jejího uplatňování, nepoužil by slovo "nejdéle". Obdobně stěžovatelka pohlíží na § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů, jehož hypotéza používá podmiňovací způsob. I gramatickou výkladovou metodou tak lze dospět ke dvěma možným výkladům. Stěžovatelka má za to, že § 38r odst. 2 je nutno jakožto výjimku z obecného pravidla v § 148 daňového řádu vykládat úzce. Bylo-li účelem přijetí § 38r odst. 2 zajistit, aby správce daně mohl daň kontrolovat zpětně i více než tři roky, je nutno tuto pravomoc použít jen a pouze na případy, kdy byla ztráta skutečně uplatněna. Uplatnila-li stěžovatelka celou daňovou ztrátu již v prvním zdaňovacím období po období, v němž vznikla, odvíjí se lhůta pro stanovení daně za toto období, tak i za období vzniku daňové ztráty, právě od období kompletního uplatnění ztráty. Výklad krajského soudu, na jehož základě by bylo možno v prodloužené lhůtě kontrolovat jak období, v němž byla ztráta reálně uplatněna, tak i další období, v nichž se vůbec neprojevila, je rozporný nejen se smyslem právní úpravy, ale je také za diskriminační ve srovnání s těmi, kteří daňovou ztrátu rovněž vykázali, ale neuplatnili. Určujícím obdobím tak podle stěžovatelky bylo poslední období, v němž uplatnila ztrátu, tedy zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Lhůta pro stanovení daně tudíž uplynula 1. 7. 2017, a to i pro období roku 2009.

[6] K výše uvedenému stěžovatelka doplnila argumentaci týkající se uplatnění daňové ztráty v období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014, které není zdaňovacím obdobím. Zákon sice hovoří pouze o "zdaňovacích obdobích", Pokyn Generálního finančního ředitelství D-22 k § 34 zákona o daních z příjmů ale prolamuje omezení uplatnitelnosti ztráty v jiném než zdaňovacím období. Není sice pramenem práva, ale ve svém důsledku vytváří správní praxi. Pokyn sice vybočuje ze zákonných mantinelů, ale lze jej vnímat jako pozitivní pro daňové subjekty. Dle konzistentní judikatury je možné, aby se takové správní praxe daňové subjekty úspěšně dovolávaly. Je však nutné odlišit období, v nichž je možné ztrátu uplatnit (§ 34 zákona o daních z příjmů ve spojení s Pokynem GFŘ D-22), a období, podle kterého se odvíjí lhůta pro stanovení daně (§ 38r odst. 2 téhož zákona). V případě období pro stanovení lhůty by se totiž jednalo o nepřípustné rozšíření lhůty, které by bylo negativní pro daňové subjekty.

[7] Stěžovatelka rovněž poukázala na dosavadní postup žalovaného. Upozornila, že v žalobě nenamítala formálnost daňových kontrol za roky 2008 a 2009, jak uvedl krajský soud. Ryzí formálnost a účelovost spatřuje v zahájení daňové kontroly za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014, resp. období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014, a to v návaznosti na dosud neukončená daňová řízení za zdaňovací období let 2008 a 2009. Podle stěžovatelky krajský soud tuto otázku nepřípadně vyhodnotil jako nesouvisející s meritem věci. Tendenční postup žalovaného má totiž právní význam k obdobím let 2008 a 2009. Z uvedeného plyne, že žalovaný měl za to, že posledním, tzv. rozhodujícím, obdobím pro určení délky prekluzivní lhůty pro roky 2008 a 2009 jsou právě období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014, resp. období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014. To plyne i z vyjádření žalovaného k žalobě. Zahájení daňové kontroly za období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014 může být významné pro běh lhůty pro stanovení daně za toto období, pokud by Nejvyšší správní soud i toto období považoval za poslední období, kdy byla fakticky uplatněna ztráta za rok 2009. Skutečným účelem zahájení daňové kontroly za uvedená období tak fakticky bylo pouze přerušení běhu prekluzivní lhůty u zdaňovacích období let 2008 a 2009.

[8] Stěžovatelka brojila i proti posouzení lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014, v němž uplatnila daňovou ztrátu za zdaňovací období let 2008 a 2009, a to ve vazbě na prekluzi zdaňovacího období roku 2008. Zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014 je ve smyslu § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů posledním obdobím, v němž bylo možné, a zároveň se tak reálně stalo, uplatnit daňovou ztrátu ze zdaňovacího období 2008. Na rozdíl od zdaňovacího období 2009 zde nevyvstává otázka určení posledního rozhodného zdaňovacího období, ale otázka zákonnosti tzv. řetězení ztrát. Stěžovatelka nesouhlasí s tím, aby lhůtu pro stanovení daně za rok 2008 ovlivnil i vztah k roku 2009, kdy rovněž vykázala ztrátu, čímž by se zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014 stalo teprve čtvrtým zdaňovacím obdobím. Takovým nepřiměřeným prodlužováním lhůty pro stanovení daně žalovaný nepřípustně zasahuje do právem chráněných zájmů daňových subjektů. Výklad krajského soudu by např. při uplatnění daňové ztráty v každém čtvrtém zdaňovacím období vedl ad absurdum až k nekonečné prekluzivní lhůtě a nekonečně trvající daňové kontrole, jejíž délka je limitována právě délkou lhůty pro stanovení daně. K tomu stěžovatelka odkázala na posouzení obdobné otázky v celním řízení v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 2. 2009, čj. 1 Afs 15/2009-105, č. 1837/2009 Sb. NSS. Jelikož posledním obdobím, v němž uplatnila ztrátu z roku 2008, bylo zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014, lhůta pro stanovení daně za obě uvedená období uplynula 1. 7. 2017. I v tomto případě považuje stěžovatelka výklad krajského soudu za diskriminační. Umožňuje kontrolu daňového subjektu bez časového omezení i za období, v nichž daňovou ztrátu neuplatnil. Důsledkem je také to, že současně se lhůtou pro stanovení daně za rok 2008 a následujících pět zdaňovacích období, v nichž bylo možné uplatnit ztrátu, běží ve stejném režimu rovněž lhůta pro stanovení daně za období, v nichž uplatnit ztrátu nelze (období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014 a zdaňovací období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015). Daná období nemají k vzniklé ztrátě v roce 2008 žádný vztah, přesto sdílejí stejný osud co do určení lhůty pro stanovení daně. Princip nekonečné prekluzivní lhůty naráží také na § 148 odst. 5 daňového řádu upravující objektivní desetiletou lhůtu pro stanovení daně. Tato lhůta již v posuzované věci uběhla 31. 12. 2018. Žalovaný v této lhůtě nejen že nestanovil daň, ale ani neukončil daňovou kontrolu. Podaná žaloba žalovanému nebránila, aby v daňové kontrole pokračoval, jelikož správní soudy nevydaly předběžné opatření, kterým by v tom žalovanému bránily. V daňové prekluzi se tudíž žalovaný ocitl v důsledku svého pasivního přístupu.

[9] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti navrhl, aby ji Nejvyšší správní soud zamítl. Ztotožňuje se se závěry, k nimž dospěl krajský soud.

III. Posouzení Nejvyšším správním soudem

[10] Nejvyšší správní soud přezkoumal důvodnost kasační stížnosti v souladu s § 109 odst. 3 a 4 zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen "s. ř. s."), v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů.

[11] Kasační stížnost je důvodná.

[12] V kasační stížnosti stěžovatelka označila důvody dle § 103 odst. 1 písm. a) a d) s. ř. s., tedy poukázala na nesprávné posouzení právní otázky soudem v předchozím řízení a současně namítla nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku.

[13] Stěžovatelka v úvodu kasační stížnosti sama vymezila sporné právní otázky, které zde vyvstaly, a souvisí s (ne)uplynutím lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2008, 2009, resp. zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Konkrétně je v posuzované věci podle ní sporný výklad § 34 spolu s § 38r zákona o daních z příjmů, a to ve vazbě na § 148 daňového řádu. Stěžovatelka výslovně upozornila jednak na spor o určení posledního (rozhodného) období, jehož lhůta pro stanovení daně následně určuje délku prekluzivní lhůty i pro zdaňovací období jemu předcházející, a jednak na přípustnost tzv. řetězení ztrát.

[14] Nejvyšší správní soud považuje za vhodné přes výše stěžovatelkou vymezené sporné otázky připomenout, že napadený rozsudek krajského soudu byl podán v návaznosti na žalobu, kterou se stěžovatelka domáhala ochrany před nezákonným zásahem spočívajícím v daňových kontrolách týkajících se třech zdaňovacích období. Žalobu strukturovala tak, že předně (bod IV.) namítala uplynutí lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014, a to ve vazbě na zdaňovací období roku 2008 (otázka tzv. řetězení ztrát). Dále se zabývala povahou období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014 a související prekluzí zdaňovacího období roku 2009 (bod V.). Samostatně pak zpochybnila postup žalovaného v rámci daňových kontrol (bod VI.). V replikách k vyjádření žalovaného se stěžovatelka jednak vymezila k závěru žalovaného, podle něhož posledním obdobím, v němž bylo možné uplatnit ztrátu, bylo až období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015, a jednak podrobněji poukazovala na průběh kontroly za zdaňovací období let 2008 a 2009 i na formálnost zahájení kontroly za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Krajský soud se v napadeném rozsudku vyjádřil nejprve ke zdaňovacímu období roku 2009 s tím, že časový úsek od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014 nebyl zdaňovacím obdobím, daňovou ztrátu bylo možno odečíst ještě ve zdaňovacím období od 1. 1. 2015 do 31. 12. 2015, a daňová kontrola za rok 2009 tak byla zahájena a prováděna ve lhůtě pro stanovení daně. Tento závěr vztáhl i na kontrolu zdaňovacího období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. U daňové kontroly za zdaňovací období roku 2008 pak krajský soud shledal s ohledem na řetězení ztrát zachování lhůty pro stanovení daně i pro toto zdaňovací období. Jako obiter dictum se krajský soud vyslovil k samotnému průběhu kontroly za roky 2008 a 2009 i k zahájení kontroly za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. Sama stěžovatelka podle něj v tomto ohledu vyvrací tvrzenou formálnost zahájení této kontroly.

[15] Cílem tohoto shrnutí nebylo další prosté zopakování již provedené reprodukce dosavadního průběhu řízení či postojů účastníků. Nejvyšší správní soud naopak považoval za vhodné toto shrnutí provést proto, aby připomněl, co bylo vlastně předmětem řízení před krajským soudem a co je (může být) nyní předmětem řízení o kasační stížnosti. V tomto ohledu Nejvyšší správní soud především nemohl přehlédnout, že krajský soud v napadeném rozsudku k části žalobní argumentace týkající se průběhu daňových kontrol, resp. jejich formálnosti, jednoznačně uzavřel, že s ohledem na rozsudečný návrh (žalobní petit) se daňovými kontrolami zabýval výlučně z hlediska jejich zahájení (a provádění) po uplynutí lhůty pro stanovení daně.

Z takto vymezeného rámce krajský soud vystoupil pouze v samotném závěru napadeného rozsudku ve stručném odstavci "nad rámec" nosných důvodů. Jak je nicméně zřejmé z výše reprodukované žaloby i repliky (především ze dne 8. 11. 2018), stěžovatelka v řízení před krajským soudem uplatnila řadu konkrétních argumentů týkajících se průběhu daňové kontroly (především za roky 2008 a 2009 a to i v návaznosti na zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014). Je pravdou, že žalobní petit k jednotlivým zdaňovacím obdobím a daňovým kontrolám stěžovatelka výslovně váže na "uplynutí lhůty pro stanovení daně". Uvedené nicméně podle Nejvyššího správního soudu neumožňuje krajskému soudu bez dalšího jednoznačnou žalobní argumentaci týkající se průběhu (formálnosti zahájení) daňových kontrol v podstatě pominout. Jistě není povinností soudu vždy podrobně reagovat na veškerou žalobní argumentaci, tedy i takovou, která se netýká žalobního návrhu nebo s ním souvisí jen vzdáleně. V projednávané věci je nicméně zřejmé, že stěžovatelka svoji argumentaci týkající se průběhu daňových kontrol neuplatňovala jen "nad rámec", ale tyto námitky tvořily významnou součást její argumentační pozice. Vzhledem ke kontextu žaloby i její struktuře se jeví jako zcela nelogické, že by stěžovatelka důvody zpochybňující postup žalovaného v rámci kontrol do žaloby zahrnula, aniž by současně zamýšlela zpochybnit zákonnost kontrol s ohledem na jejich průběh. Výslovně zmiňovala konkrétní úkony žalovaného v konkrétních časových okamžicích, které v dalších souvislostech podrobněji hodnotila. Není ostatně vyloučeno, že průběh daňové kontroly může mít význam i pro posouzení lhůty pro stanovení daně, což stěžovatelka v řízení před krajským soudem taktéž výslovně zmiňovala.

[16] V návaznosti na kasační námitku stěžovatelky, která na nezohlednění této části žaloby i jejího doplnění upozorňuje, je třeba uzavřít, že krajský soud se argumentací stěžovatelky týkající se postupu v rámci daňových kontrol zabýval nedostatečně, resp. neodstranil rozpor, který zde mezi petitem a žalobní argumentací shledal. V tomto ohledu je třeba připomenout především obecnou povinnost soudu, má-li pochybnost o souladu žalobního petitu a argumentace obsažené v žalobě, takový rozpor odstranit (srov. např. již rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 24. 6. 2004, čj. 2 Ans 1/2004-64, č. 670/2005 Sb. NSS). Pokud tak krajský soud neučiní, resp. odpovídajícím způsobem neosvětlí, proč není nutno s ohledem na podstatu věci takový rozpor odstraňovat, nezbývá, než dojít k závěru, že řízení před krajským soudem ve smyslu § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. vykazuje vady, které mohou mít za následek nezákonné rozhodnutí ve věci samé.

[17] Uvedené závěry by bez dalšího postačovaly ke zrušení napadeného rozsudku krajského soudu, který by především v dalším řízení měl v návaznosti na strukturu podané žaloby a uplatněné argumentace řádně objasnit (případně i po výzvě stěžovatelce k odstranění rozporu petitu a argumentace), z jakých hledisek bude zákonnost konkrétních daňových kontrol (a za jaká konkrétní zdaňovací období) zkoumat. K tomu je nutno dodat, že v řízení o žalobě na ochranu před nezákonným zásahem se neuplatní koncentrační zásada, tedy je třeba důkladně se zabývat i novou argumentací uplatněnou v replice k vyjádření žalovaného správního orgánu, případně vznesenou při jednání ve věci. Nejvyšší správní soud přesto považuje za vhodné, aby se v souladu s rychlostí a hospodárností dalšího řízení vyjádřil i k námitkám, jejichž vypořádání popsaná vada řízení před krajským soudem nebrání. Podstata odůvodnění napadeného rozhodnutí krajského soudu totiž mířila do některých konkrétních otázek posouzení zákonnosti daňových kontrol z hlediska zachování lhůt pro stanovení daně. Jak již bylo výše uvedeno, v tomto ohledu ostatně formulovala konkrétní sporné právní otázky i sama stěžovatelka v kasační stížnosti.

[18] K otázce tzv. řetězení ztrát je nutno předně připomenout, že dle § 34 odst. 1 věty první zákona o daních z příjmů lze "od základu daně lze odečíst daňovou ztrátu, která vznikla a byla vyměřena za předchozí zdaňovací období nebo jeho část, a to nejdéle v 5 zdaňovacích obdobích následujících bezprostředně po období, za které se daňová ztráta vyměřuje".

[19] Lhůta pro stanovení daně je upravena v § 148 odst. 1 daňového řádu, podle něhož nelze daň "stanovit po uplynutí lhůty pro stanovení daně, která činí 3 roky. Lhůta pro stanovení daně počne běžet dnem, v němž uplynula lhůta pro podání řádného daňového tvrzení, nebo v němž se stala daň splatnou, aniž by zde byla současně povinnost podat řádné daňové tvrzení". Speciální úpravu ve vztahu k citovanému ustanovení představuje mimo jiné i shora již vícekrát zmiňovaný § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 4. 2016, čj. 4 Afs 251/2015-74, či ze dne 9. 9. 2019, čj. 7 Afs 134/2019-20). Věta první tohoto ustanovení, ve znění účinném do 30. 6. 2017, předpokládá, že "lze-li uplatnit daňovou ztrátu nebo její část ve zdaňovacích obdobích následujících po zdaňovacím období, v němž daňová ztráta vznikla, jako položku odčitatelnou od základu daně, lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit, končí současně se lhůtou pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu nebo její část uplatnit. Obdobně se postupuje při uplatnění ztráty po převodu obchodního závodu, fúzi obchodních korporací nebo rozdělení obchodní korporace". Toto znění je s ohledem na čl. II bod 1. přechodných ustanovení k zákonu č. 170/2017 Sb., kterým se mění některé zákony v oblasti daní, rozhodné i pro nyní projednávanou věc. Krajský soud v napadeném rozsudku vyšel ze znění pozdějšího, které se od citované úpravy liší tím, že formulace obsahující slovo "lze" nahrazuje slovy "bylo-li možné" či "bylo možné". Tato změna textu zákona, jejímž smyslem bylo dle důvodové zprávy reagovat na situace dodatečného zrušení daňové ztráty na základě dodatečného daňového přiznání (daňové kontroly), na podstatě výše vymezené sporné právní otázky a jejího posouzení krajským soudem nic nemění (srov. usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2009, čj. 8 Afs 51/2007-87). Ostatně ani stěžovatelka v tomto ohledu námitky neuplatnila.

[20] K aplikaci citované právní úpravy na nyní posuzovanou věc lze připomenout, že stěžovatelka vykázala daňovou ztrátu nejprve ve zdaňovacím období roku 2008. Tuto ztrátu tak mohla uplatnit v 5 následujících zdaňovacích obdobích (konkrétně ve zdaňovacích obdobích od 1. 1. 2009 do 31. 12. 2009, od 1. 1. 2010 do 31. 12. 2010, od 1. 1. 2011 do 31. 3. 2012, od 1. 4. 2012 do 31. 3. 2013 a od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014). Posledním zdaňovacím obdobím, za které mohla daňovou ztrátu vyměřenou za zdaňovací období roku 2008 uplatnit (a také skutečně uplatnila), tedy bylo zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014. To není mezi účastníky sporné. V návaznosti na § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů je pro určení lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období, za něž byla stěžovatelce vyměřena daňová ztráta (zdaňovací období roku 2008), tak i pro všechna zdaňovací období, za které mohla daňovou ztrátu či její část uplatnit (pět výše uvedených zdaňovacích období), určující okamžik, kdy skončí lhůta pro stanovení daně za poslední zdaňovací období, ve kterém mohla daňovou ztrátu uplatnit. Rozhodující je tak uplynutí lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014.

[21] Stěžovatelce však byla vyměřena daňová ztráta také za zdaňovací období roku 2009. Mezi stěžovatelkou na jedné straně a krajským soudem, resp. žalovaným, na straně druhé panuje rozpor v náhledu na posouzení vlivu vzniku další daňové ztráty v roce 2009 (tedy v průběhu pěti let, v nichž lze uplatnit daňovou ztrátu z roku 2008) na běh lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období 2008. Období roku 2009 je současně obdobím, v němž stěžovatelce vznikla daňová ztráta, ale i obdobím, v němž poprvé přicházelo v úvahu z hlediska lhůty stanovené v § 34 odst. 1 zákona o daních z příjmů uplatnění daňové ztráty z roku předcházejícího. Podle žalovaného je třeba v takovém případě § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů vyložit tak, že umožňuje tzv. řetězení ztrát, jehož důsledkem je i prodloužení lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2008 (a po něm následujících pěti zdaňovacích období). Stěžovatelka má za to, že lhůty pro uplatnění odpočtu a následně pro stanovení daně za roky 2008 a 2009 na sobě běží nezávisle a řetězení ztrát nelze připustit. Žalovaný (i krajský soud) vycházejí zjednodušeně řečeno z toho, že odvíjí-li se lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období roku 2008 od konce lhůty pro zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014, pak právě v důsledku úpravy plynoucí z § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů je třeba s ohledem na vyměření další (pozdější) daňové ztráty konec této lhůty vázat na jiné (pozdější) zdaňovací období. Režim citovaného ustanovení totiž toto "poslední zdaňovací období" a konec lhůty pro stanovení daně za něj navázal na jiné "poslední zdaňovací období", a to na období vztahující se k později vyměřené ztrátě. Pro konec lhůty týkající se zdaňovacího období roku 2008, v němž stěžovatelce vznikla daňová ztráta, i následujících 5 zdaňovacích období, v nichž tuto daňovou ztrátu mohla uplatnit, je tedy podle žalovaného (krajského soudu) rozhodující, kdy uplyne lhůta za zdaňovací období roku 2009, v němž jí opět vznikla daňová ztráta.

[22] Nejvyšší správní soud má za to, že v případě výše citovaného ustanovení § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů existují v souvislosti se shora vymezenou spornou otázkou v zásadě tři možné náhledy na jeho výklad. První náhled, který tzv. řetězení ztrát bez omezení připouští, byl nastíněn shora, a podle Nejvyššího správního soudu je třeba jej jednoznačně odmítnout. Ad absurdum by totiž v důsledku opakované aplikace daného ustanovení lhůta pro stanovení daně nemusela skončit nikdy, neboť by se i v případě dřívějších zdaňovacích období neustále prodlužovala na základě vzniku pozdějších daňových ztrát o dalších pět let, čímž by délka lhůty pro stanovení daně mohla ve výsledku dosahovat i několika desítek let. Druhý možný náhled sice řetězení ztrát výslovně nevylučuje, omezuje však takový postup zejména s přihlédnutím k desetileté nepřekročitelné (maximální) lhůtě pro stanovení daně plynoucí z § 148 odst. 5 daňového řádu (význam zmíněné lhůty zdůrazňují při posouzení dané sporné otázky např. též závěry rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 5. 12. 2019, čj. 11 A 34/2019-46). Nejvyšší správní soud má nicméně za to, že je třeba jednoznačně upřednostnit zbývající možný (třetí) náhled, který možnost řetězení ztrát zcela zapovídá. Jiná aplikace § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů totiž nerespektuje jeho smysl a především nepřiměřeně zasahuje do právní jistoty daňových subjektů. Výklad připouštějící tzv. řetězení ztrát nemá podle Nejvyššího správního soudu výslovnou oporu ani v samotném textu zákona a představuje toliko nepřípustně rozšiřující interpretaci daného ustanovení. I jeho samotný text totiž váže prodloužení lhůty pro stanovení daně výhradně na zdaňovací období, v němž daná (konkrétní) daňová ztráta vznikla, a nikoliv na zdaňovací období jiné (týkající se jiné ztráty). Ve shodě se závěry výše již zmiňovaného rozsudku Městského soudu v Praze je třeba současně zdůraznit, že smysl prodloužení prekluzivní lhůty pro stanovení daně obsažené v § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmů plyne přímo z důvodové zprávy k zákonu č. 72/2000 Sb., o investičních pobídkách a o změně některých zákonů, jímž byla daná úprava do zákona o daních z příjmů vtělena. Spočívá sice v poskytnutí delší lhůty správci daně ke kontrole vzniklé daňové ztráty daňového subjektu, nijak ovšem neodůvodňuje ani nepředpokládá jakékoliv další prodlužování této lhůty, tím spíše ne v návaznosti na daňovou ztrátu vzniklou v jiném zdaňovacím období.

[23] Je třeba dodat, že další prodlužování lhůty pro stanovení daně prostřednictvím popisovaného "řetězení ztrát" nemůže vyvážit ani trvající právo daňového subjektu podat před uplynutím lhůty ke stanovení daně dodatečné daňové přiznání. Ani odborná literatura, která "řetězení ztrát" připouští, se výše uvedenými aspekty nijak blíže nezabývá a vedle textu zákona nenabízí žádné další relevantní argumenty podporující závěr o přípustnosti takového výkladu (srov. VELFLOVÁ, M. Procesní aspekty daňové ztráty. Finanční, daňový a účetní bulletin 3/2018, str. 24). Nejvyšší správní soud v této souvislosti připomíná, že smyslem jasného stanovení lhůty pro stanovení daně a jejího prekluzivního charakteru je jednak zajištění právní jistoty jak na straně daňových subjektů, tak na straně správce daně, ale zároveň i vytvoření stimulu pro včasné uspořádání právních vztahů obou stran. Zároveň tato lhůta představuje určitou bariéru pro eventuální svévolné zásahy do právní sféry daňových subjektů, ke kterým by při její absenci mohlo docházet. Obě strany by měly mít objektivně daný a jednoznačně definovaný časový prostor, ve kterém mohou vzájemně vypořádávat právní vztahy plynoucí z daňových povinností. Délka tohoto časového prostoru by pak měla být vyvážená tak, aby zohledňovala komplikovanost a náročnost dané materie, ale zároveň nepředstavovala nedůvodný zásah do právní jistoty zúčastněných stran, které v této souvislosti stíhá povinnost prokazovat svá tvrzení (srov. např. též závěry usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 10. 2007, čj. 9 Afs 86/2007-161, č. 1542/2008 Sb. NSS).

[24] Skutečnost, že stěžovatelce v nyní projednávané věci vznikla v roce 2009 další daňová ztráta, tedy není rozhodná pro posouzení lhůty pro stanovení daně za předcházející rok. Lhůta pro stanovení daně má za každé zdaňovací období svůj zcela samostatný režim. Jak bylo uvedeno výše, smysl citované právní úpravy nelze shledávat v tom, že by bylo možno správci daně dále prodlužovat (řetězit) již tak delší lhůtu pro stanovení daně za rok 2008. S ohledem na výše uvedené tedy lze uzavřít, že závěr krajského soudu, podle něhož daňová kontrola za rok 2008 byla prováděna ve lhůtě pro stanovení daně, nemůže obstát, pokud tento závěr krajský soud postavil právě na akceptaci shora popsaného konceptu tzv. řetězení daňových ztrát. I v tomto ohledu je tedy třeba přisvědčit stěžovatelce.

[25] Naopak s dalšími kasačními námitkami se již Nejvyšší správní soud ztotožnit nemohl. Jde-li o povahu devítiměsíčního období od 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014, které bylo pátým (posledním) obdobím, v němž stěžovatelka uplatnila ztrátu vzniklou v roce 2009, zde mezi účastníky není sporu, že toto období není obdobím zdaňovacím ve smyslu § 21a zákona o daních z příjmů. Stěžovatelka má za to, že v tomto období lze uplatnit daňovou ztrátu, současně ji však již nelze zahrnovat mezi pět zdaňovacích období, které jsou určující pro běh lhůty pro stanovení daně. Argumentace stěžovatelky v této souvislosti vychází z toho, že lhůta pro stanovení daně za rok 2009 se měla odvíjet od posledního zdaňovacího období, ve kterém fakticky uplatnila ztrátu za uvedený rok (tedy zdaňovací období od 1. 4. 2013 do 31. 3. 2014). Ztrátu sice uplatnila v souladu s pokynem Generálního finančního ředitelství D-22 k jednotnému postupu při uplatňování některých ustanovení zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, i v období 1. 4. 2014 do 31. 12. 2014, to však není obdobím zdaňovacím. Uvedený pokyn ve vztahu k § 34 odst. 1 zákona o daních z příjmů uvádí, že "uplatnění daňové ztráty u právnických osob je limitováno uplynutím pěti zdaňovacích období definovaných v § 21a zákona jako období zdaňovací. K částem období, za která se podávají daňová přiznání ve stanovených případech, pokud se nacházejí mezi těmito pěti zdaňovacími obdobími následujícími po období, za které byla daňová ztráta vyměřena, se v rámci aplikace časového omezení převoditelnosti daňové ztráty nepřihlíží; přitom v těchto daňových přiznáních lze daňovou ztrátu rovněž odečíst, aniž by tím byl ovlivněn celkový počet zdaňovacích období, po která lze daňovou ztrátu uplatňovat." Na základě toho lze stěžovatelce dát za pravdu, že orgány finanční správy skutečně dle tohoto pokynu vycházejí z výkladu, který připouští uplatnění daňové ztráty i v jiných obdobích než zdaňovacích. To však samo o sobě nic nevypovídá ve vztahu k počítání lhůty pro stanovení daně. Tato lhůta ani není upravena daným ustanovením.

[26] Stejně tak nelze souhlasit se stěžovatelkou ani v tom, že by bylo rozhodné, v jakých obdobích daňovou ztrátu fakticky uplatnila a nikoli potencialita jejího uplatnění. Jak lze dovodit ze samotného textu zákona (zákonodárce by při výkladu prosazovaném stěžovatelkou jistě hovořil o zdaňovacích obdobích, za něž byla ztráta uplatněna) a vyplývá to i z již existující judikatury zdejšího soudu, pro počítání lhůty pro stanovení daně za zdaňovací období, ve kterém byla vyměřena daňová ztráta, není rozhodné, zdali daňový subjekt daňovou ztrátu zcela nebo zčásti v následujících zdaňovacích obdobích skutečně uplatní, nýbrž to, že tak podle zákona učinit může. Lhůta pro stanovení daně za zdaňovací období, v němž vznikla ztráta, tedy obecně (tj. bez jakýchkoliv případných dalších okolností majících vliv na její běh) skončí po uplynutí lhůty pro stanovení daně týkající se posledního (pátého) zdaňovacího období, v němž mohla být daňová ztráta uplatněna, ať už daňový subjekt daňovou ztrátu fakticky uplatnil v kterémkoliv z těchto pěti zdaňovacích období. K takovému závěru zdejší soud dospěl nejen v účastníky zmiňovaném a shora již citovaném rozsudku sp. zn. 4 Afs 251/2015, ale výslovně ji aktuálně stvrdil např. ve shora již taktéž zmiňovaném rozsudku sp. zn. 7 Afs 134/2019. Nejvyšší správní soud v nyní projednávané věci ani s přihlédnutím k výše reprodukované argumentaci stěžovatelky neshledal důvod se od citované judikatury odchylovat. V této souvislosti lze ještě poukázat na to, že i důvodová zpráva ke shora již zmiňovanému zákonu č. 170/2017 Sb., kterým byl mimo jiné novelizován i zákon o daních z příjmů, ve vztahu k § 38r tohoto zákona výslovně předpokládá běh lhůty pro stanovení daně v návaznosti na "možnost" odečtení ztráty. I v tomto ohledu tedy závěry krajského soudu obstojí.

IV. Závěr a náklady řízení

[27] Nejvyšší správní soud tedy shledal kasační stížnost důvodnou, a to jak pro výše popsané pochybení krajského soudu týkající se vyjasnění samotného rámce přezkumu, tak pro nesprávné posouzení jedné z dílčích právních otázek, jejichž hodnocení bylo v kasačním řízení možné. Napadený rozsudek krajského soudu je tedy třeba zrušit a věc mu vrátit k dalšímu řízení (§ 110 odst. 1. s. ř. s.). V něm krajský soud rozhodne vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu vysloveným v tomto zrušujícím rozsudku (§ 110 odst. 4 s. ř. s.). Zbývá podotknout, že (nedojde-li ke změně petitu) krajský soud bude v dalším řízení opětovně rozhodovat dle skutkového stavu v době svého nového rozhodnutí (§ 87 odst. 1 s. ř. s.).

[28] Krajský soud rozhodne v novém rozhodnutí rovněž o nákladech řízení o této kasační stížnosti (§ 110 odst. 3 s. ř. s.).

V Brně 13. května 2020


Daňová uznatelnost nákladů na povinné testy na COVID-19

Finanční správa zveřejnila stanovisko týkající se zaměstnavatelů, kteří jsou povinni svým zaměstnancům nařídit provedení testu na COVID-19.

U plátce daně (zaměstnavatele) jsou náklady na povinný test na COVID-19 zaměstnanců jsou povinným výdajem zaměstnavatele podle § 102 zákona č. 262/2006 Sb., zákoník práce. Jedná se tedy o daňově uznatelný výdaj podle § 24 odst. 2 písm. p) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů.

Na straně zaměstnanců jde o příjem ve formě povinného plnění zaměstnavatele na vytváření a dodržování pracovních podmínek pro výkon práce stanovených právním předpisem, který podle § 6 odst. 7 písm. e) zákona o daních z příjmů není předmětem daně (není zdanitelným příjmem zaměstnance).

U podnikatele - osoby samostatně výdělečně činné je situace podobná jako u zaměstnavatele. Souvisí-li povinný test COVID-19 s výkonem podnikatelské činnosti, jedná se o daňově uznatelný výdaj dle § 24 zákona o daních z příjmů.

Daňová uznatelnost výše uvedeného výdaje se však ve všech případech týká pouze testů, které jsou povinné, netýká se tedy testů, pro které by se podnikatel, zaměstnavatel nebo zaměstnace rozhodnul dobrovolně z vlastní vůle.


Posouzení peněžní náhrady za nařízený povinný výkon pracovní činnosti

Na základě usnesení vlády ČR ze dne 13. března 2020 o zajištění poskytování péče v zařízeních sociálních služeb po dobu nouzového stavu byla v souladu s § 35 zákona č. 240/2000 Sb., krizový zákon, ve znění pozdějších předpisů (dále jen "krizový zákon), uložena pracovní povinnost studentům pro poskytování sociálních služeb. V důvodové zprávě k původně navrženému a schválenému ustanovení § 35 krizového zákona je uvedeno, že povinné poskytnutí věcných prostředků a povinný výkon pracovní povinnosti, či pracovní výpomoci je zásah do vlastnického práva, respektive do základních práv a svobod povinné osoby. Toto omezení je u povinných subjektů řešeno poskytnutím odpovídající náhrady za vzniklou újmu.

Peněžní náhradu za nařízený povinný výkon pracovní činnosti podle krizového zákona lze posoudit jako peněžitou náhradu za vzniklou újmu (majetkového charakteru). S ohledem na skutečnost, že v běžné situaci by za výkon práce náležela mzda, odměna, resp. náhrada mzdy, která by podle § 6 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů podléhala zdanění, nemůže být tato náhrada "mzdové újmy" osvobozena od daně z příjmů fyzických osob podle § 4 odst. 1 písm. d) zákona o daních z příjmů, a to z důvodu, že se jedná o náhradu za ztrátu příjmu dle bodu 1 tohoto ustanovení.

Předmětná peněžní náhrada za "mzdovou újmu" se posoudí jako příjem ze závislé činnosti podle § 6 odst. 1 zákona o daních z příjmů. Za předpokladu, že poplatník (student) učinil u plátce daně na příslušné zdaňovací období Prohlášení poplatníka daně z příjmů fyzických osob ze závislé činnosti v souladu s ustanovením § 38k zákona o daních z příjmů, může si uplatnit u zaměstnavatele (krajský úřad, Magistrát hlavního města Prahy) měsíční slevy na dani (základní sleva na poplatníka, sleva na studenta příp. další).

Při stanovení výše zmíněných peněžních náhrad je třeba přihlédnout ke všem nákladům, jež povinnému k pracovní činnosti v této souvislosti vznikly. Peněžní náhrada by mohla v úhrnu představovat nejen odměnu za výkon pracovní povinnosti, ale i náhradu dalších případných nákladů (např. za dopravu na místo výkonu pracovní činnosti apod.). Náhrady za další vzniklé případné náklady jsou od daně z příjmů fyzických osob osvobozeny podle § 4 odst. 1 písm. d) zákona o daních z příjmů jako náhrady za vzniklou majetkovou újmu.


Kompenzační bonus pro společníky malých společností s ručením omezeným

Na konci května bylo definitivně schváleno rozšíření kompenzačního bonusu (původně určeného pro osoby samostatně výdělečně činné) také pro společníky malých společností s ručením omezeným. Kompenzační bonus však míří pouze na takové společnosti, které charakterem svého podnikání připomínají samostatně výdělečnou činnost fyzických osob. Pravidla pro přiznání bonusu jsou však v tomto případě mírně komplikovanější. Základní zásady ilustruje následující přehled praktických otázek a odpovědí.

V malé společnosti s ručením omezeným je jednatel a jeho rodinný příslušník je společníkem. Mají oba nárok na kompenzační bonus?

Kompenzační bonus pro malé společnosti s ručením omezeným je možné čerpat u dvoučlenných společností. Nárok má společník i jednatel, a to při splnění ostatních zákonných podmínek čerpání bonusu. Jednatel nicméně nesmí na sebe coby zaměstnance společnosti ve stejné dny, kdy si nárokuje kompenzační bonus, pobírat příspěvek v rámci programu Antivirus (tzv. kurzarbeit). To znamená, že pokud by žadatel pobíral příspěvek z programu Antivirus například pouze za část bonusového období, může si za zbývající dny nárokovat kompenzační bonus. Z výše uvedeného také vyplývá, že o kompenzační bonus mohou při splnění zákonných podmínek žádat ve dvoučlenné společnosti oba společníci bez ohledu na to, zda jsou v dané společnosti zaměstnáni, ať již příkazní smlouvou jako jednatel, nebo pracovní smlouvou například jako účetní.

Malá rodinná společnost s ručením omezeným má čtyři společníky - rodinné příslušníky a pátým společníkem je rodinný známý. Kdo z nich má nárok na kompenzační bonus?

O kompenzační bonus mohou při splnění dalších zákonných podmínek žádat dva společníci ve dvoučlenné společnosti (příbuzní i nepříbuzní), případně všichni společníci ve tří a vícečlenné společnosti, jsou-li všichni členy jedné rodiny a jsou příbuzní v řadě přímé, nebo se jedná o sourozence, manžela, manželku nebo partnera podle zákona o registrovaném partnerství. Společníci této společnosti podmínky pro přiznání bonusu nesplňují.

Společník je zainteresován ve třech společnostech s ručením omezeným. Ve společnosti č. 1 však není společníkem, je zde pouze zaměstnancem a na základě zaměstnání je účasten nemocenského pojištění. Ve společnosti č. 2 a 3 je společníkem i zaměstnancem. O kompenzační bonus žádá v souvislosti s výkonem činnosti společnosti č. 3, jejíž činnost byla v důsledku situace související s koronavirem omezena. Činnost společnosti č. 1 a 2 nebyla situací významněji dotčena. Má na kompenzační bonus nárok?

Tento společník není subjektem kompenzačního bonusu, neboť vykonával činnost, v jejímž důsledku byl účasten nemocenského pojištění jako zaměstnanec (byl v rozporu s § 2a odst. 2 písm. b) zákona o kompenzačním bonusu zaměstnán ve společnosti č. 1, kde není současně společníkem, tuto činnost lze vyhodnotit jako zaměstnání u kteréhokoli jiného zaměstnavatele). Ačkoli tedy předmět kompenzačního bonusu existuje, protože činnost společnosti č. 3 byla významně omezena, kompenzační bonus nebude přiznán, neboť nebyly naplněny podmínky stanovené pro subjekt kompenzačního bonusu.

Proč nemá společník ve tříčlenné společnosti s ručením omezeným nárok na kompenzační bonus?

Záměrem rozšíření vyplácení kompenzačního bonusu na malé společnosti bylo to, že jejich podnikání se často materiálně neodlišuje od osob samostatně výdělečných činných, kteří na státní podporu dosáhnou. Povolit vyšší počet žádajících společníků než dva by nebylo spravedlivé proto, že by prakticky došlo k odchýlení od modelu živnostníka v právní formě společnosti s ručením omezeným a přiblížení se k modelu pasivních investorů v kapitálové společnosti, kteří se svou prací na chodu firmy podílí méně. Toto se však týká pouze společníků, kteří nejsou příbuzní. U příbuzných v řadě přímé, resp. manželů nebo registrovaných partnerů omezení počtu společníků neplatí.

Jediný společník má ve společnosti s ručením omezeným několik zaměstnanců. Může žádat o kompenzační bonus?

Při splnění dalších zákonných podmínek žádat může. Zákon pamatuje na maximální počet společníků, zatímco počet řadových zaměstnanců nehraje roli. Na zaměstnance je pak možné čerpat příspěvek v rámci programu Antivirus (tzv. kurzarbeit).

Může společník malé společnosti s ručením omezeným požádat o kompenzační bonus pro společníky malých společností s ručením omezeným, když současně čerpá ošetřovné z titulu zaměstnance této společnosti s ručením omezeným? Ostatní podmínky nárok na čerpání plní.

Pokud plní ostatní zákonné podmínky, může o kompenzační bonus požádat. Čerpání ošetřovného není překážkou k vyplacení bonusu.

Jsou pro společnosti s ručením omezeným rozhodující loňské finanční výsledky, aby společníci na bonus dosáhli?

Nikoliv, resp. pouze částečně. Splnění zákonných podmínek se prokazuje jednoduchým procesem využívajícím institutu čestného prohlášení. Forma žádosti je totožná jako u Pětadvacítky pro poškozené osoby samostatně výdělečně činné. U podpory pro společnosti s ručením omezeným byl přidán tzv. příjmový test, tedy že společnost splňuje minimální prokazatelný obrat ve výši 180 000 Kč za rok 2019 (nebo je předpoklad dosažení takového obratu v letech 2020 nebo 2021, v případě že společnost vznikla až v průběhu roku 2019, popřípadě začátkem roku 2020).

Bude v případě přiznání nároku vyplacena částka také zpětně ve stejné výši jako byla určena pro osoby samostatně výdělečně činné?

Kompenzační bonus ve výši 500 Kč denně bude možné v případě splnění zákonných podmínek vyplatit jak za první bonusové období od 12. března do 30. dubna 2020, tak za druhé bonusové období od 1. května do 8. června 2020. V maximální výši tedy bude možné žádat o 44 500 Kč. Žádost o kompenzační bonus je přitom nutné podat za každé bonusové období zvlášť (i když na jednom formuláři), a to nejpozději 60 dnů po skončení příslušného bonusového období.

Jakým způsobem se o kompenzační bonus pro malé společnosti s ručením omezeným žádá a jak bude vyplacen?
Administrace žádostí o kompenzační bonus probíhá podobně jako v případě osob samostatně výdělečně činných. Žádat je možné vyplněním jednoduchého formuláře, podepsáním čestného prohlášení o oprávněnosti nároku a odeslání žádosti na finanční úřad příslušný ke správě daně z příjmů fyzických osob žadatele (nemusí jít tedy nutně o stejný finanční úřad, pod který spadá daná společnost). Žádost podává každý ze společníků sám za sebe jako fyzická osoba (nikoli jako společnost), proto se místní příslušnost řídí nikoli příslušností společnosti s ručením omezeným, ale příslušností žadatele, tj. dle místa trvalého bydliště fyzické osoby - žadatele. Finanční správa začne přijímat žádosti ihned po nabytí účinnosti zákona (počátkem června).


Jednotný postup při uplatňování § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů

Zákonem č. 669/2004 Sb. byla s účinností od 1. 1. 2005 do zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v příslušném znění, doplněna ustanovení § 34 odst. 4 a 5, podle kterých může poplatník uplatnit odpočet od základu daně z příjmů ve výši 100 % výdajů vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje. Od 1. 1. 2014, kdy nabylo účinnosti zákonné opatření Senátu č. 344/2013 Sb., o změně daňových zákonů v souvislosti s rekodifikací soukromého práva a o změně některých zákonů (dále jen "zákonné opatření Senátu"), je daňový režim pro uplatňování odpočtu od základu daně z příjmů na podporu výzkumu a vývoje obsažen v ustanoveních § 34 odst. 4 a 5 a § 34a až § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů a poplatník může uplatnit odpočet ve výši 100 % nebo 110 % výdajů vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje. Zákonem č. 80/2019 Sb., kterým se mění některé zákony v oblasti daní a některé další zákony (dále také "zákon č. 80/2019 Sb."), byla s účinností od 1. 4. 2019 novelizována ustanovení § 34a, § 34b, § 34c a § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů a bylo doplněno nové ustanovení § 34ba zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů - Oznámení o záměru odečíst od základu daně z příjmů odpočet na podporu výzkumu a vývoje. V zájmu zajištění jednotného postupu při aplikaci uvedených ustanovení vydává Ministerstvo financí tento pokyn.


POKYN č. MF-17 k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění zákona č. 80/2019 Sb. a pozdějších předpisů (č. j.: MF-4869/2020/15-2)

1. Základní podmínky pro uplatnění odpočtu podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění účinném od 1. 4. 2019 (dále jen "zákon")
1.1. Projektová dokumentace podle zákona
Projektovou dokumentací se rozumí souhrnný dokument, ve kterém poplatník vymezí pro účely uplatnění odpočtu svou činnost ve výzkumu a vývoji (pojem "projekt výzkumu a vývoje" označuje skutečnosti a činnosti související s konkrétním výzkumem a vývojem realizované poplatníkem při jeho řešení). Projektová dokumentace musí být schválena ve lhůtě pro podání řádného daňového přiznání za období, za které poplatník odečte nebo hodlá odečíst od základu daně první odpočet vztahující se ke konkrétnímu projektu. V této lhůtě musí být projektová dokumentace schválena i v případě, že poplatník nemohl v tomto období odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje z důvodu nízkého základu daně nebo daňové ztráty. Lhůta pro schválení projektové dokumentace se prodlužuje, pokud je prodloužena lhůta pro podání řádného daňového přiznání dle § 36 odst. 4 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen "daňový řád").
V projektové dokumentaci musí být uvedeno:
- oznámený název projektu výzkumu a vývoje vystihující jeho obecné zaměření
- vymezení činnosti ve výzkumu a vývoji podle zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací), v příslušném znění (dále také "zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací").
Projektová dokumentace dále obsahuje:
a) základní identifikační údaje o poplatníkovi, kterými jsou obchodní firma nebo název poplatníka, adresa sídla, popřípadě jméno a příjmení poplatníka, je-li poplatník fyzickou osobou, adresa místa jeho trvalého pobytu a adresa sídla podnikatele; daňové identifikační číslo, bylo-li přiděleno,
b) dobu řešení projektu (den zahájení a den ukončení řešení projektu, resp. předpokládaný den ukončení řešení projektu v případě, že projektová dokumentace bude schválena před ukončením řešení projektu),
c) cíle projektu, které jsou dosažitelné v době řešení projektu a vyhodnotitelné po jeho ukončení,
d) předpokládané výdaje v jednotlivých letech řešení projektu od roku, ve kterém bylo podáno oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, a předpokládané celkové výdaje na řešení projektu; není povinnost uvádět v projektové dokumentaci konkrétní výdaje, které mohou být poté zahrnuty do odpočtu,
e) jména a příjmení osob, které ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje odborně zajišťují nebo o kterých poplatník předpokládá, že budou odborně zajišťovat řešení projektu s uvedením jejich kvalifikace a formy pracovněprávního vztahu k poplatníkovi; poplatník je povinen prokázat správci daně i další osoby, resp. výdaje na ně, které nejsou uvedeny v projektové dokumentaci, ale účastní se řešení projektu výzkumu a vývoje např. měsíčními výkazy práce, pokud výdaje na ně vykázané zahrnuje do odpočtu podle §34b zákona,
f) způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků, prováděných ode dne podání oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje,
g) datum schválení projektové dokumentace, jméno a podpis osoby schvalující projektovou dokumentaci; osobou schvalující projektovou dokumentaci je u poplatníka daně z příjmů fyzických osob tento poplatník nebo fyzická osoba oprávněná jednat za tohoto poplatníka a u právnických osob fyzická osoba oprávněná jednat za tohoto poplatníka (zejména statutární orgán nebo osoba jednající na základě smlouvy o zastoupení, jako prokurista nebo na základě plné moci udělené výhradně ke schválení projektové dokumentace či v širším rozsahu, který bude zahrnovat též právní jednání v podobě schválení, resp. podpisu, projektové dokumentace v souladu s § 34c odst. 1 písm. h) a odst. 3 zákona).
Z důvodu zajištění dostatku důkazního materiálu na straně daňového subjektu musí být projektová dokumentace zpracována v písemné podobě. Projektová dokumentace může být zpracována i elektronicky, pokud ji lze převést do písemné formy. Schválenou projektovou dokumentaci následně již nelze upravovat. Pokud v rámci realizace činností ve výzkumu a vývoji dojde ke změnám skutečností povinně uvedených v projektové dokumentaci, je nutné tyto změny průběžně zaznamenat v evidenci, kterou je poplatník povinen vést pro tyto účely podle § 34c odst. 4 zákona s tím, že název projektu výzkumu a vývoje, cíle projektu výzkumu a vývoje, den schválení projektové dokumentace a jméno a podpis osoby schvalující projektovou dokumentaci měnit nelze. Poplatník uvedené změny projektové dokumentace, ke kterým dojde po jejím schválení, prokazuje evidencí změn, případně jiným způsobem (např. výpisem z interních systémů poplatníka, interní dokumentací, záznamy z účetnictví apod.).

1.2. Oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle zákona
S účinností od 1. 4. 2019 je do zákona zaveden institut oznámení o záměru odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje (dále jen "Oznámení"), který rozšiřuje podmínky pro uplatnění odpočtu o povinnost poplatníka oznámit záměr v budoucnu odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje. Jedná se o první úkon poplatníka vůči správci daně v případě realizace konkrétního projektu výzkumu a vývoje (resp. realizace činnosti ve výzkumu a vývoji), který je nezbytný pro následné uplatnění odpočtu. Poplatník je povinen takové Oznámení učinit zvlášť za každý projekt výzkumu a vývoje, v souvislosti se kterým hodlá odpočet odečíst od základu daně, přičemž Oznámení za více projektů může být obsaženo v jednom podání. Účelem Oznámení je informovat správce daně o záměru poplatníka odečíst od základu daně odpočet související s realizací projektu výzkumu a vývoje a současně určit okamžik, od kterého se výdaje vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje posuzují jako výdaje, které lze zahrnout do odpočtu na podporu výzkumu a vývoje. Tímto okamžikem je den podání Oznámení.
V Oznámení je poplatník povinen uvést své identifikační údaje v rozsahu, v jakém se uvádí v projektové dokumentaci, a název projektu výzkumu a vývoje, což je identifikační údaj, z nějž je zřejmé jeho obecné zaměření. Název projektu, který slouží pouze k přiřazení Oznámení k projektové dokumentaci (v níž je poplatník povinen název projektu výzkumu a vývoje také uvést), musí však vystihovat obecné zaměření projektu výzkumu a vývoje, aby nemohlo dojít k zaměnitelnosti projektových dokumentací. Délka názvu projektu výzkumu a vývoje není rozhodná, z názvu ale musí být rámcově zřejmé např. jakou činností (oborem, výrobkem) se poplatník hodlá zabývat nebo k jakému výsledku výzkumu a vývoje bude v rámci dosahování cíle směřovat atd. (nestačí tedy uvést označení např. prostřednictvím jednotlivých písmen nebo číselného kódu).

Příklad
Z názvu projektu výzkumu a vývoje ve formě "miTZ 85 - 45 ZTRP 00085 iijj28MN" nelze dovodit jeho obecné zaměření.

Oznámení je podáním podle ustanovení § 70 až § 74 daňového řádu. V případě, že Oznámení bude obsahovat vady, bude poplatník na tyto vady podle § 74 daňového řádu upozorněn a dostane možnost je odstranit. V případě, že budou vady odstraněny ve lhůtě stanovené správcem daně, budou výdaje uplatnitelné od okamžiku původního Oznámení (viz § 74 odst. 3 daňového řádu). Pokud však daňový subjekt vady ve stanovené lhůtě neodstraní, stane se Oznámení neúčinným.
Pokud je v jednom podání obsaženo Oznámení za více projektů, je nutné rozlišit případné vady podle povahy věci na vady, které mají za následek neúčinnost podání jako celku, a vady, které mají za následek neúčinnost pouze těch Oznámení, kterých se tyto vady týkají. Vadou, která způsobí neúčinnost podání jako celku, může být např. nedostatečné označení poplatníka či absence podpisu poplatníka, pokud je zákonnou náležitostí (za předpokladu, že se tyto náležitosti vztahují ke všem podáním, resp. dokument obsahuje seznam oznamovaných projektů a dále označení poplatníka a podpis, které jsou společné pro všechna Oznámení uvedená v dokumentu). Jedná se tedy o vadu, která postihuje všechna Oznámení učiněná prostřednictvím jednoho dokumentu. Pokud podání bude mít vadu, která se bude vztahovat výlučně k některému Oznámení (např. nebude dostatečně vymezen název podle § 34ba odst. 2 písm. a) zákona), bude mít tato vada za následek neúčinnost pouze toho Oznámení, kterého se týká. Zbývající Oznámení budou učiněna řádně a včas.

1.3. Projekty výzkumu a vývoje, na které se uplatní zákon
Přechodné ustanovení v čl. II bodu 14 zákona č. 80/2019 Sb. představuje speciální úpravu ve vztahu k obecnému přechodnému ustanovení obsaženém v čl. II bodu 1 tohoto zákona. Z této speciální úpravy vyplývá, že ustanovení § 34a až § 34c a § 34e zákona se použijí již ode dne nabytí jeho účinnosti, tj. od 1. 4. 2019, nikoli až od začátku následujícího zdaňovacího období.
Obecně na projekty výzkumu a vývoje zahájené přede dnem nabytí účinnosti zákona č. 80/2019 Sb., tj. před 1. 4. 2019 se použijí i nadále ustanovení § 34a až § 34c a § 34e zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění přede dnem nabytí účinnosti zákona č. 80/2019 Sb. V případě, kdy realizace projektu výzkumu a vývoje trvá několik zdaňovacích období, se tato úprava aplikuje po celou dobu jeho realizace.
Výjimku z uvedeného pravidla představují projekty výzkumu a vývoje zahájené ve zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, které ke dni nabytí účinnosti zákona ještě neskončilo. V takovém případě má poplatník možnost volby, zda bude postupovat podle právní úpravy účinné do 31. 3. 2019 nebo podle právní úpravy účinné od 1. 4. 2019. Podle zvolené právní úpravy je poplatník povinen postupovat i v následujících zdaňovacích obdobích, resp. obdobích, za která se podává daňové přiznání až do okamžiku ukončení realizace projektu výzkumu a vývoje.

Příklady
Poplatník má zdaňovací období kalendářní rok 2019, což je zdaňovací období, které ke dni nabytí účinnosti zákona č. 80/2019 Sb., tj. k 1. 4. 2019, ještě neskončilo. Proto se může rozhodnout, zda na projekt výzkumu a vývoje, jehož řešení zahájil v průběhu roku 2019 (od 1. 1. 2019 do 31. 3. 2019 i od 1. 4. 2019 do 31. 12. 2019) použije právní úpravu účinnou do 31. 3. 2019 nebo právní úpravu účinnou od 1. 4. 2019.

Poplatník má zdaňovací období hospodářský rok od 1. 9. 2018 do 31. 8. 2019, což je zdaňovací období, které ke dni nabytí účinnosti zákona č. 80/2019 Sb., tj. 1. 4. 2019, ještě neskončilo. Proto se může rozhodnout, zda na projekt výzkumu a vývoje, jehož řešení zahájil od 1. 9. 2018 do 31. 8. 2019, tj. v průběhu tohoto hospodářského roku, použije právní úpravu účinnou do 31. 3. 2019 nebo právní úpravu účinnou od 1. 4. 2019. Podrobnější informace je uvedena na webových stránkách Finanční správy České republiky (https://www.financnisprava.cz/.../Expedice-FINAL-prechodne-ustanoveni.pdf).

2. Vymezení výzkumu a vývoje pro účely zákona
Základní vymezení pojmů výzkum a vývoj navazuje na ustanovení § 2 zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací), a na článek 2 (definice) nařízení Komise (EU) č. 651/2014 (dále jen "Nařízení").
1) Základním výzkumem se v souladu s článkem 2 bodem 84 Nařízení rozumí experimentální nebo teoretická práce vykonávaná především za účelem získání nových poznatků o základních principech jevů a pozorovatelných skutečností, která není zaměřena na přímé komerční uplatnění nebo využití. Základní výzkum je jednou ze dvou hlavních kategorií výzkumu. Jedná se o systematickou tvůrčí práci rozšiřující poznání. Nepředpokládá se, že by jeho výsledky měly být bezprostředně komerčně využitelné.
2) Aplikovaným výzkumem se v souladu s § 2 odst. 1 písm. b) zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací rozumí teoretická a experimentální práce zaměřená na získání nových poznatků a dovedností pro vývoj nových nebo podstatně zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb; součástí aplikovaného výzkumu jsou průmyslový výzkum a experimentální vývoj. Aplikovaný výzkum je další kategorií výzkumu. Jedná se rovněž o systematickou tvůrčí práci, ale jeho výsledky již směřují k budoucímu využití v praxi.
3) Průmyslovým výzkumem se v souladu s článkem 2 bodem 85 Nařízení rozumí plánovitý výzkum nebo kritické šetření zaměřené na získání nových poznatků a dovedností pro vývoj nových výrobků, postupů nebo služeb nebo k podstatnému zdokonalení stávajících výrobků, postupů nebo služeb. Zahrnuje vytváření dílčích částí složitých systémů a může zahrnovat výrobu prototypů v laboratorním prostředí nebo v prostředí se simulovaným rozhraním se stávajícími systémy a rovněž výrobu pilotních linek, je-li to nezbytné pro průmyslový výzkum, a zejména pro obecné ověřování technologie. Rozlišovacím kritériem mezi průmyslovým výzkumem a ostatními částmi aplikovaného výzkumu je možnost uplatnění výsledků výzkumu v nových výrobcích, technologiích a službách určených k podnikání. Výsledky té části aplikovaného výzkumu, která není průmyslovým výzkumem, jsou uplatňovány v oblastech, které do jisté míry jsou i předmětem veřejného zájmu - zdravotnictví, vzdělávání, kultura, životní prostředí, státní resp. veřejná správa a z části i zemědělství, doprava či obrana a bezpečnost, bezprostředně se nevyužívají v nových výrobcích, technologiích a službách za běžných tržních podmínek nebo jsou určeny pro uživatele, kteří se nezabývají podnikáním.
4) Experimentálním vývojem se v souladu s článkem 2 bodem 86 Nařízení rozumí získávání, spojování, formování a používání stávajících vědeckých, technologických, obchodních a jiných příslušných poznatků a dovedností za účelem vývoje nových nebo zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb. Může se jednat například o činnosti zaměřené na vymezení koncepce, plánování a dokumentaci nových výrobků, postupů nebo služeb.
Experimentální vývoj může zahrnovat vývoj prototypů, demonstrační činnosti, pilotní projekty, testování a ověřování nových nebo zdokonalených výrobků, postupů nebo služeb v prostředí reprezentativním z hlediska reálných provozních podmínek, pokud hlavní cíl spočívá v dalším technickém zlepšení výrobků, postupů nebo služeb, které nejsou z velké části dosud stanoveny. Tyto činnosti mohou zahrnovat vývoj komerčně využitelného prototypu nebo pilotního projektu, který je nutně konečným komerčním produktem a jehož výroba je příliš nákladná na to, aby byl použit pouze pro účely demonstrace a ověření.
Experimentálním vývojem nejsou běžné nebo pravidelné změny stávajících výrobků, výrobních linek, výrobních postupů, služeb a jiných nedokončených operací, i když tyto změny mohou představovat zlepšení. Obecně se u vývoje jedná rovněž o systematickou tvůrčí práci, která ale zajišťuje využití poznatků výzkumu k produkci služeb a zařízení uplatnitelných na trhu. Základním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty. Činnost výzkumu a vývoje musí být kreativní (tvůrčí), systematická a převoditelná nebo reprodukovatelná.
Pro posouzení se použijí tato doplňující (pomocná) kritéria:
- stanovené cíle projektu výzkumu a vývoje (jejich dosažitelnost a vyhodnotitelnost po ukončení projektu)
- prvek novosti nebo novátorství (v rámci možných informací, které může mít poplatník k dispozici v dané době)
- hledání předtím neodhalených jevů, struktur nebo vztahů
- aplikace poznatků nebo techniky novým způsobem
- výsledkem má být nové, hlubší chápání jevů, vztahů, principů s významem širším než pro jednoho poplatníka
- očekávaný přínos, tj. patent, licence apod.
- kvalifikace pracovníků zařazených do projektu výzkumu a vývoje
- používané metody
- souvislost s větším celkem (např. s programem, s činností podniku)
- míra obecnosti předpokládaných výsledků
- souvislost projektu výzkumu a vývoje s jinou vědeckotechnickou činností.
Poplatník není povinen splnit zároveň všechna z uvedených doplňujících kritérií pro to, aby jeho aktivity bylo možno označit za výzkum a vývoj. Uvedená kritéria pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností mohou splňovat i aktivity vykonávané na základě smluvního vztahu (například na základě potvrzené objednávky či smlouvy).
Přítomnost ocenitelného prvku novosti a požadavek na vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty jsou u projektu výzkumu a vývoje zachovány i v případě, že cíl projektu výzkumu a vývoje nebo jeho část je již známa jiným subjektům a daňový subjekt řešící projekt výzkumu a vývoje prokáže, že je pro něj věcně či ekonomicky nedostupný nebo nepoužitelný z jiného věcného či ekonomického důvodu nebo v době řešení projektu výzkumu a vývoje neměl o jeho existenci informace.

3. Činnosti prováděné poplatníkem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, které lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů:
a) experimentální či teoretické práce prováděné s cílem získat znalosti o základech či podstatě pozorovaných jevů, vysvětlení jejich příčin a možných dopadů při využití získaných poznatků, nebo s cílem získání nových poznatků zaměřených na využití v nových výrobcích, technologiích nebo službách,
b) systematické tvůrčí využití poznatků výzkumu nebo jiných námětů k navržení nebo zavedení nových či zlepšených technologií, systémů nebo k produkci nových či zlepšených materiálů, výrobků nebo zařízení,
c) výrobu funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části, kde prototypem se rozumí původní model zahrnující veškeré technické a výkonové charakteristiky nového výrobku nebo jeho skupin, nebo první vyrobené kusy nového výrobku, pokud je prvořadým cílem ověření navrženého řešení nebo jeho další vylepšení; hranicí je ukončení nezbytné modifikace prototypu a úspěšné dokončení zkoušek,
d) ověření prototypu, poloprovozních nebo předváděcích zařízení,
e) projekční či konstrukční práce, výpočty nebo návrhy technologií sloužící k vývoji nebo inovaci výrobků nebo výrobních procesů,
f) zkoušky nových nebo inovovaných výrobků nebo jejich skupin, které jsou výsledkem výzkumu a vývoje, sloužící k ověření jejich funkcí a provozních vlastností a získání potřebných certifikací opravňujících tyto výrobky k provozu; certifikací se rozumí odborné ověření nebo posouzení či zkoušky výsledků projektu prováděné k tomu oprávněnými institucemi či úřady nebo zajištění jejich právní ochrany podle zvláštních právních předpisů,1)
g) zkušební provozy a zkušební výrobu, pokud jsou prováděny za účelem vyhodnocení hypotéz, sestavení vzorce a specifikací nového výrobku, projektování zařízení pro nové procesy a postupy, technické specifikace a provozní charakteristiky nezbytné pro koncepci, vývoj a výrobu nových výrobků a procesů,
h) koncepční nebo metodické práce, kterými se rozumí rozvoj nových nebo podstatně modifikovaných průzkumů a statistických systémů, vývoj nových metodik šetření, vyvíjení nových nebo podstatně zdokonalených metod zkoušení, studie proveditelnosti projektu výzkumu a vývoje, příprava původní zprávy o výsledcích projektu výzkumu a vývoje,
i) vývoj softwaru založený na tvůrčím využití poznatků výzkumu, pokud je cílem projektu výzkumu a vývoje systematické vyjasnění vědecké nebo technické nejistoty, zejména vývoj operačních systémů, programovacích jazyků, řízení dat, komunikačního softwaru, vývoj internetové technologie, výzkum metod projektování, vývoje, používání nebo údržby softwaru, vývoj nových softwarových technologií, vývoj nových pouček a algoritmů v oblasti teoretické počítačové vědy,
j) zdravotnický a farmaceutický výzkum a vývoj včetně klinických zkoušek léků, vakcín nebo léčebných metod, avšak pouze do udělení povolení k výrobě, k) činnosti v oblasti šlechtitelství prováděné do fáze uznání (registrace) odrůdy, včetně vyhodnocování užitných vlastností prováděné při registračním řízení, l) výzkum a vývoj v oblasti služeb, kterým je například výzkum a vývoj rizikových modelů, výzkum a vývoj vedoucí k novým nebo podstatně zdokonaleným službám, vývoj nových metod a nástrojů průzkumu,
m) sběr údajů, jejich zpracování a interpretace, studie záměrů politiky národní, regionální nebo místní a podnikatelské záměry podniků; tyto činnosti lze zahrnout pouze, jde-li o úpravu stávajících nebo vytváření nových metodik s ocenitelným prvkem novosti.

4. Činnosti, které nelze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů:
a) vzdělávání a výcvik pracovníků na univerzitách a institucích pro vyšší a pomaturitní vzdělávání,
b) příbuzné vědeckotechnické činnosti, kterými jsou zejména informační služby jako shromažďování, kódování, klasifikace, zaznamenávání, rozšiřování, překládání, analyzování, vyhodnocování prováděné vědeckotechnickými pracovníky, bibliografickou, informační, poradenskou či patentovou službou, nebo vědeckou konferencí, sběr údajů či pozorování rutinního charakteru, jakož i zpracování těchto údajů, například geologický, meteorologický průzkum, astronomická pozorování, sčítání lidu, průzkum trhu, udržování národních standardů, kalibraci a analýzu materiálů, výrobků, procesů, půd, ovzduší; výjimkou jsou činnosti prováděné výlučně pro účely projektu výzkumu a vývoje,
c) studie proveditelnosti, specializovanou zdravotní péči, rutinní zkoumání a používání lékařských znalostí; výjimkou jsou činnosti prováděné výlučně pro účely projektu výzkumu a vývoje,
d) administrativní a právní úkony spojené s patentovou a licenční činností; studie záměrů politiky či podnikatelské činnosti, udržování národních standardů, kalibrace druhotných standardů; výjimkou jsou činnosti prováděné výlučně pro účely projektu výzkumu a vývoje,
e) standardní vývoj softwaru a počítačová údržba, kterými jsou zejména implementace (ladění a úpravy) existujícího systému v podmínkách zákazníka, přidání uživatelské funkčnosti k aplikačním programům, řešení technických problémů, údržba softwaru, podpora nebo úprava existujících systémů, předvádění nebo překlady počítačových jazyků, příprava uživatelské dokumentace,
f) administrativa a ostatní podpůrné činnosti, zejména činnost centrálních oddělení poplatníka, např. činnost oddělení finančních a personálních, manažerské činnosti, přeprava, skladování, úklid, opravy, údržba a bezpečnost,
g) běžné použití lékařských znalostí, veškerou lékařskou péči, není-li spojena přímo
s projektem výzkumu a vývoje,
h) udržovací šlechtění,
i) stálé analýzy,
j) činnosti inovačního charakteru, které nezahrnují ocenitelný prvek novosti, zejména výzkum trhu, nastartování výroby využitelné pro všechny průmyslové situace, vybavení nástroji, úprava návrhu pro výrobní proces, získání technologie (hmotné i nehmotné), provozní inženýrství, marketing nových nebo zdokonalených výrobků, výroba ukázkových modelů, provádění zkoušek pro uživatele, průmyslová výroba, předvýrobní příprava, distribuce zboží a služeb a příbuzné technické služby v rámci činností inovačního charakteru.

5. Výdaje vynaložené při realizaci projektů výzkumu a vývoje
Poplatník je povinen vést o výdajích (nákladech), u kterých aplikuje ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona oddělenou evidenci v členění na jednotlivé projekty výzkumu a vývoje a jednotlivé účetní případy. Tato evidence musí splňovat požadavek přehlednosti a prokazatelnosti oprávněnosti použití ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona s tím, že důkazní břemeno je na poplatníkovi. Za výdaje (náklady) vynaložené na realizaci projektů výzkumu a vývoje lze pro účely § 34 odst. 4 zákona považovat:
a) osobní výdaje (náklady) na výzkumné a vývojové zaměstnance, akademické pracovníky, techniky a pomocný personál poplatníka, včetně zaměstnanců administrativních nebo dělnických profesí podílejících se na řešení projektu, a jim odpovídající výdaje (náklady) na povinné zákonné odvody;2) do osobních výdajů (nákladů) lze započítat:
1. mzdy nebo platy zaměstnanců přijatých podle pracovní smlouvy výhradně na řešení projektu výzkumu a vývoje,
2. příslušnou část mezd nebo platů zaměstnanců, odpovídající jejich úvazku na řešení projektu výzkumu a vývoje nebo se na projektu výzkumu a vývoje podílejících,3)
3. zvýšení pohyblivé částky mzdy nebo platu zaměstnanců, kteří se na řešení projektu výzkumu a vývoje podílejí,
4. odměny poskytované na základě dohody o pracovní činnosti, dohody o provedení práce nebo obdobné dohody podle zahraničních právních předpisů, uzavřených v přímé souvislosti s řešením projektu výzkumu a vývoje;
b) odpisy (nebo jejich část) hmotného movitého majetku a nehmotného majetku (s výjimkou uvedenou v bodě 7. tohoto pokynu), používaného v přímé souvislosti s řešením projektu výzkumu a vývoje podle § 26 až § 32a zákona včetně účetních odpisů podle § 24 odst. 2 písm. v) zákona,
c) další provozní výdaje (náklady), vzniklé v přímé souvislosti s řešením projektu výzkumu a vývoje, například výdaje (náklady) na materiál, zásoby a drobný hmotný a nehmotný majetek, výdaje na knihy a časopisy, na elektrickou energii, teplo, plyn, telekomunikační poplatky a vodné a stočné, vedené v oddělené evidenci v souladu se zákonem,
d) úplata (nebo její část) u finančního leasingu hmotného movitého majetku, která souvisí s realizací projektu výzkumu a vývoje,
e) cestovní náhrady poskytované zaměstnavatelem zaměstnancům v oblasti vývoje a výzkumu v souladu se zvláštním právním předpisem,4) pouze pokud vzniknou v přímé souvislosti s řešením projektu výzkumu a vývoje.
Za náklad vynaložený na realizaci projektů výzkumu a vývoje nelze pro účely § 34 odst. 4 zákona považovat zůstatkovou cenu vyřazeného majetku. Výše uvedené výdaje (náklady) lze podle zákona do odpočtu na podporu výzkumu a vývoje zahrnout, pokud jsou vynaloženy ode dne podání Oznámení podle § 34ba zákona.

6. Období uplatnění výdajů (nákladů) na výzkum a vývoj
Za "výdaje (náklady) vynaložené v daném zdaňovacím období nebo v období, za které se podává daňové přiznání" jsou pro účely odpočtu od základu daně považovány výdaje (náklady) u poplatníků, kteří vedou účetnictví, zaúčtované podle zvláštního právního předpisu,5) při respektování časové a věcné souvislosti a jsou současně daňově uznatelné v daném zdaňovacím období nebo v období, za které se podává daňové přiznání, nebo u poplatníků, kteří vedou daňovou evidenci, výdaje v ní zahrnuté v daném zdaňovacím období, snižující výsledek hospodaření a současně daňově uznatelné. Tzn., že při pořízení majetku vymezeného v bodě 5 písm. b) tohoto pokynu je možné uplatnit pro stanovení výše odpočtu pouze daňový odpis, a to i z majetku pořízeného před 1. 1. 2005 (i darem), dále je možné uplatnit pouze výdaj (náklad) časově rozlišený a výdaj (náklad), jehož daňová uznatelnost je podmíněna zaplacením, až po jeho zaplacení. Za náklady vynaložené v daném zdaňovacím období nebo období, ze které se podává daňové přiznání, jsou považovány i náklady, které vstoupí prostřednictvím kapitalizace při úspěšném ukončení projektu výzkumu a vývoje do vstupní ceny vyvíjeného majetku.

Příklady výdajů (nákladů), které jsou považovány za vynaložené (zahrnuté) v daném zdaňovacím období nebo v období, za které se podává daňové přiznání
- ve zdaňovacím období nebo v období, za které se podává daňové přiznání, vznikne závazek uhradit jednorázový výdaj (náklad), tento výdaj (náklad), pokud je výdajem (nákladem) daňovým, je možné zohlednit při stanovení odpočtu na výzkum a vývoj,
- při pořízení majetku vymezeného v bodě 5 písm. b) tohoto pokynu je výdajem (nákladem) pro účely odpočtu daňový odpis, a to i u majetku pořízeného do 31. 12. 2004,
- ve zdaňovacím období vznikne závazek uhradit časově rozlišený výdaj, nákladem pro účely odpočtu je časově rozlišený náklad, a to i při uhrazení časově rozlišovaného výdaje do 31. 12. 2004,
- ve zdaňovacím období vznikne závazek uhradit náklad, který se za daňově uznatelný považuje až po zaplacení (např. částky pojistného na sociální zabezpečení a příspěvek na státní politiku zaměstnanosti a pojistné na všeobecné zdravotní pojištění). Pro účely odpočtu je možné tento náklad zohlednit až ve zdaňovacím období, ve kterém je zaplacen (viz § 23 zákona).

7. Odpočet nelze uplatnit na služby a nehmotné výsledky výzkumu a vývoje
a) Odpočet od základu daně nelze uplatnit podle ustanovení § 34b odst. 2 písm. b) zákona k výdajům (nákladům) na služby obecně, lze ho však uplatnit na výdaje (náklady) na spotřebované nákupy vynaložené v přímé souvislosti s řešením projektu (např. na elektrickou energii, teplo, plyn, telekomunikační poplatky a vodné a stočné) a na úplaty u finančního leasingu hmotného movitého majetku, které souvisí s realizací projektu výzkumu a vývoje.
Odpočet nelze uplatnit na výdaje na činnosti, které jsou uvedené v bodě 3. tohoto pokynu, pokud poplatník činnosti sám neprovádí při realizaci projektu výzkumu a vývoje, ale pořizuje je od jiné osoby jako službu (např. testování léků či ověřování prototypu), s výjimkou osoby, která je veřejnou vysokou školou nebo výzkumnou organizací vymezenou v zákoně upravujícím podporu výzkumu a vývoje pro účely poskytování podpory, resp. v Nařízení.
Odpočet také nelze uplatnit na prvotní náklady vynaložené za externí služby, tj. výkony od jiných jednotek, zejména náklady na nájemné, reprezentaci, konzultace, poradenství a informační servis, externí vzdělávání, účast na konferencích včetně cestového apod. Dále nelze odpočet uplatnit na výdaje na administrativní a ostatní podpůrné činnosti, např. činnosti finanční, personální, IT, manažerské, na výdaje na opravy, přepravné, ostrahu objektu, a to ať pořizované od jiných osob nebo prováděné vlastními pracovníky, protože se nejedná o výdaje vynaložené poplatníkem na výzkum a vývoj, jehož základním kritériem je přítomnost ocenitelného prvku novosti.
b) Odpočet nelze uplatnit podle ustanovení § 34b odst. 2 písm. d) zákona na nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob, které se posuzují jako nehmotný majetek ve smyslu § 32a zákona, s výjimkou nehmotných výsledků výzkumu a vývoje, pořízených od veřejné vysoké školy nebo výzkumné organizace vymezené v zákoně upravujícím podporu výzkumu a vývoje pro účely poskytování podpory, resp. v Nařízení, a současně souvisejících s realizací projektů výzkumu a vývoje poplatníka, který uplatňuje odpočet od základu daně z příjmů.

8. Výdaje (náklady), na které byla byť jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů
Odpočet nelze uplatnit na ty výdaje (náklady) výzkumu a vývoje, na které byla i jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů. V případě, že projekty podporované z veřejných zdrojů, např. podle zákona o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, jsou v souladu s tímto zákonem financovány podílově, tj. každý jednotlivý náklad související s daným projektem je z určené části financován z veřejných prostředků, je zřejmé, že veškeré takto podpořené náklady projektu je nutné při stanovení odpočtu od daně vyloučit. Dále je nutné při stanovení odpočtu vyloučit ty jednotlivé výdaje (náklady), které jsou sice zahrnuty v nepodpořených projektech výzkumu a vývoje, ale jsou podpořeny "samostatně" z veřejných zdrojů, a to ve výši odpovídající tomuto jednotlivému výdaji. Za veřejné zdroje jsou pro účely zákona považovány prostředky poskytnuté ze státního rozpočtu, z rozpočtů obcí a krajů, státních fondů, z grantů Evropských společenství a z veřejných rozpočtů a jiných peněžních fondů cizího státu.
Na náklady, na které již byla i jen z části poskytnuta podpora z veřejných zdrojů, nelze uplatnit odpočet dle § 34 odst. 4 zákona. Pokud však byla poskytnuta podpora k nákladům, které se nevztahují k projektu výzkumu a vývoje (včetně mzdových prostředků nevztahujících se k projektu výzkumu a vývoje), nemá tato veřejná podpora (např. dotace od úřadu práce na úhradu mzdových nákladů, uplatněná sleva na dani podle §35a a §35b zákona) vliv na uplatnění odčitatelné položky dle § 34 odst. 4 a 5 zákona.

9. Souběh odčitatelných položek dle § 34 odst. 1 a 4 zákona
V zákoně není určeno pořadí položek odčitatelných od základu daně. Proto je na rozhodnutí poplatníka, zda uplatní jako první odpočet dle § 34 odst. 1 zákona (odpočet daňové ztráty) nebo odpočet na podporu výzkumu a vývoje anebo odpočet na podporu odborného vzdělávání (s respektováním lhůty stanovené pro možnost odpočtu těchto odpočtů v § 34 odst. 5 zákona).

10. Období, ve kterém lze odpočet na výzkum a vývoj uplatnit
Pro účely uplatňování odpočtu v následujících třech obdobích (§ 34 odst. 5 zákona) se pro účely lhůty počítají i období, za která se podává daňové přiznání, ale která nejsou obdobími zdaňovacími (dle § 34a odst. 3 zákona se obdobím rozumí jak zdaňovací období, tak i období, které sice není obdobím zdaňovacím, ale podává se za něj daňové přiznání). Pokud poplatník v období, kdy vznikl nárok na odpočet, tj. v období, kdy byly výdaje (náklady) na realizaci projektu výzkumu a vývoje vynaloženy, vykáže základ daně z příjmů (ř. 270 daňového přiznání) dostatečně vysoký a odpočet na podporu výzkumu a vývoje neuplatní nebo ho neuplatní v celkové možné výši, nelze tento odpočet nebo jeho část přenášet do dalších období.

Příklad
Poplatník v roce 2019 (rok vzniku odpočtu) vykázal odpočet ve výši 1400 tis. Kč, ale uplatnil na ř. 242 jen 400 000 Kč, přestože vykázal základ daně 600 000 Kč. V tom případě lze do dalších období převést pouze 800 000 Kč, zbylých 200 000 Kč v dalších obdobích již uplatnit nelze.

11. Dodatečné daňové přiznání
V případě, kdy poplatník uplatní odpočet a z důvodu následně podaného dodatečného daňového přiznání na nižší daňovou povinnost je uplatněn odpočet nižší, je možné neuplatněnou část odpočtu převést do dalšího období, pokud neuplynula lhůta tří období bezprostředně následujících po zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, ve kterém nárok na odpočet vznikl.

12. Přenos neuplatněného odpočtu na právního nástupce
Neuplatněný odpočet může být uplatněn právním nástupcem pouze v případech podle § 23a a 23c zákona, a to nejdéle do lhůty stanovené v § 34 odst. 5 zákona. V ostatních případech není přenos neuplatněného odpočtu povolen.

13. Výdaje na výzkum a vývoj u zanikající společnosti po rozhodném dni přeměny
Nástupnická společnost s výjimkou případů stanovených v § 23a a § 23c zákona nemůže neuplatněný odpočet zanikající společnosti vzniklý před rozhodným dnem přeměny uplatnit. Nástupnická společnost však může uplatnit odpočet k výdajům vynaloženým po rozhodném dni přeměny za všechny společnosti účastnící se přeměny, které zanikají bez likvidace.

14. Výše odpočtu od základu daně
Podle ustanovení § 34a odst. 1 písm. a) a b) zákona může poplatník uplatnit odpočet ve výši 100 % nebo 110 % výdajů (nákladů) vynaložených v období na realizaci projektu výzkumu a vývoje a zahrnovaných do odpočtu:
a) 100 % výdajů (nákladů) může poplatník do odpočtu zahrnout v případě, kdy celkové výdaje (náklady) vynaložené na výzkum a vývoj a zahrnované do odpočtu v období, za které je uplatňován odpočet, nepřevýší celkové výdaje (náklady) zahrnované do odpočtu, které poplatník vynaložil na výzkum a vývoj v minulém období (v rozhodné době),
b) 110 % výdajů (nákladů) může poplatník do odpočtu zahrnout k přírůstku výdajů (nákladů) vynaložených na realizaci výzkumu a vývoje v období, za které je uplatňován odpočet, ve srovnání s celkovými výdaji (náklady) zahrnovanými do odpočtu vynaloženými v předcházejícím srovnatelném období (v rozhodné době).

Příklad
Poplatník ve zdaňovacím období 2013 vynaložil celkové výdaje (náklady) na realizaci všech projektů výzkumu a vývoje zahrnované do odpočtu ve výši 1 000 000 Kč. Ve zdaňovacím období 2014 vynaložil celkové výdaje (náklady) na realizaci všech projektů výzkumu a vývoje zahrnované do odpočtu
a) ve výši 800 000 Kč, do odpočtu ve zdaňovacím období 2014 je možné zahrnout 800 000 Kč (tj. 100 % těchto výdajů (nákladů)),
b) ve výši 1 200 000 Kč, do odpočtu ve zdaňovacím období 2014 je možné zahrnout 1 220 000 Kč (tj. 100 % z 1000 000 Kč + 110 % z 200 000 Kč).
Z důvodu porovnatelnosti je nutné srovnávat stejně dlouhá období. Pokud je obdobím, za které poplatník uplatňuje odpočet od základu daně z příjmů, zdaňovací období v délce 12 měsíců (např. od 1. 1. 2014 do 31. 12. 2014), bude rozhodnou dobou období 12 měsíců (od 1. 1. 2013 do 31.12. 2013), i kdyby bylo zdaňovací období předcházející zdaňovacímu období roku 2014 delší než 12 měsíců (např. od 1. 11. 2012 do 31. 12. 2013) nebo kratší (např. v souvislosti s přeměnou apod.).

15. Oznámení podané zanikající nebo rozdělovanou společností
Pokud Oznámení podle § 34ba zákona podá zanikající společnost, která hodlá v souvislosti s realizací určitého projektu výzkumu a vývoje tento odpočet odečíst od základu daně, nástupnická společnost, která hodlá uplatňovat odpočet od základu daně na podporu výzkumu a vývoje v souvislosti s realizací stejného projektu výzkumu a vývoje, nemusí podávat další Oznámení.

16. Projektová dokumentace schválená nástupnickou společností
Pokud Oznámení podle § 34ba zákona podá zanikající společnost, která hodlá v souvislosti s realizací určitého projektu výzkumu a vývoje tento odpočet odečíst od základu daně, může projektovou dokumentaci k tomuto projektu výzkumu a vývoje schválit fyzická osoba oprávněná jednat za nástupnickou společnost, pokud ve lhůtě pro podání daňového přiznání za období předcházející rozhodnému dni přeměny zanikající společnost již neexistuje.

17. Účinnost
Tento pokyn nabývá účinnosti dnem jeho zveřejnění ve Finančním zpravodaji.

ODKAZY:
1) Například zákon č. 527/1990 Sb., o vynálezech a zlepšovacích návrzích, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 529/1991 Sb., o ochraně topografií polovodičových výrobků, ve znění zákona č. 116/2000 Sb., zákon č. 478/1992 Sb., o užitných vzorech, ve znění zákona č. 116/2000 Sb., zákon č. 121/2000 Sb., o právu autorském, o právech souvisejících s právem autorským a o změně některých zákonů (autorský zákon), ve znění zákona č. 81/2005 Sb., zákon č. 206/2000 Sb., o ochraně biotechnologických vynálezů a o změně zákona č. 132/1989 Sb., o ochraně práv k novým odrůdám rostlin a plemenům zvířat, zákon č. 207/2000 Sb. o ochraně průmyslových vzorů a o změně zákona č. 527/1990 Sb., o vynálezech, průmyslových vzorech a zlepšovacích návrzích, ve znění pozdějších předpisů, zákon č. 408/2000 Sb., o ochraně práv k odrůdám rostlin a o změně zákona č. 92/1996 Sb., o odrůdách, osivu a sadbě pěstovaných rostlin, ve znění pozdějších předpisů, (zákon o ochraně práv k odrůdám), ve znění pozdějších předpisů
2) Zákon č. 592/1992 Sb., o pojistném na všeobecné zdravotní pojištění, ve znění pozdějších předpisů.
Zákon č. 589/1992 Sb., o pojistném na sociální zabezpečení a příspěvku na státní politiku zaměstnanosti, ve znění pozdějších předpisů.
3) Zákoník práce.
4) Zákon č. 119/1992 Sb., o cestovních náhradách, ve znění pozdějších předpisů.
5) Zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví, ve znění pozdějších předpisů.


Sdělení k vydání Pokynu č. MF-17 k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů
Zákonem č. 669/2004 Sb. byla s účinností od 1. 1. 2005 do zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v příslušném znění, doplněna ustanovení § 34 odst. 4 a 5, podle kterých může poplatník (právnická i podnikající fyzická osoba) uplatnit odpočet od základu daně z příjmů ve výši 100 %, resp. od 1. 1. 2015 110 %, výdajů (nákladů) vynaložených při realizaci projektů výzkumu a vývoje. V zájmu zajištění jednotného postupu při aplikaci uvedených ustanovení vydalo Ministerstvo financí Pokyn D - 288 ze dne 3. 10. 2005 k jednotnému postupu při uplatňování ustanovení § 34 odst. 4 a 5 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (čj. 15/96003/2005).
K Pokynu D - 288 byla vydána 2 Sdělení, kterými byl Pokyn D - 288 v návaznosti na změnu dotčených právních předpisů novelizován (Sdělení MF čj. 15/32 213/2010 ze dne 1. 4. 2010 uveřejněné ve Finančním zpravodaji č. 4/2010 a Sdělení čj. MF 11384/2014/15 ze dne 3. 10. 2014 uveřejněné ve Finančním zpravodaji č. 4/2014). S účinností od 1. 4. 2019 byly zákonem č. 80/2019 Sb., kterým se mění některé zákony v oblasti daní a některé další zákony, provedeny další změny v uplatňování odpočtu na podporu výzkumu a vývoje od základu daně z příjmů. Významné věcné změny v režimu uplatňování odpočtu na podporu výzkumu a vývoje od 1. 4. 2019 ve srovnání s příslušnými ustanoveními zákona o daních z příjmů, ve znění do 31. 3. 2019, jsou:
1) Poplatník, který hodlá v souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje odečíst od základu daně odpočet na podporu výzkumu a vývoje, musí tuto skutečnost oznámit správci daně.
2) Do odpočtu na podporu výzkumu a vývoje je možné zahrnovat pouze výdaje vynaložené ode dne podání oznámení.
3) Odpočet na podporu výzkumu a vývoje související s oznámeným projektem výzkumu a vývoje lze odečíst od základu daně nejdříve za období, pro které je ve lhůtě pro podání řádného daňového přiznání schválena projektová dokumentace.
4) Pojem "projekt výzkumu a vývoje", který do 31. 3. 2019 představoval písemný dokument, je nahrazen pojmem "projektová dokumentace". Nově se "projektem výzkumu a vývoje" rozumí skutečnosti a činnosti související s konkrétním výzkumem a vývojem daňového subjektu (realizací projektu výzkumu a vývoje se rozumí samotné provádění činností ve výzkumu a vývoji). Nový pojem "projektová dokumentace" obsahuje zpracovávaný a schvalovaný písemný dokument, v němž jsou uváděny skutečnosti vztahující se k činnosti ve výzkumu a vývoji poplatníka.
5) Projektovou dokumentaci může schvalovat osoba oprávněná jednat za poplatníka fyzickou i právnickou osobu. Vzhledem k tomu, že se nová úprava výrazně liší od úpravy platné do 31. 3. 2019, nejsou změny promítnuty do Pokynu D - 288, ale z důvodu větší přehlednosti a uživatelské přívětivosti Ministerstvo financí vydalo nový Pokyn č. MF-17, který se uplatní pro projekty výzkumu a vývoje, ke kterým je uplatňován odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění zákona č. 80/2019 Sb. Pokyn D - 288 zůstává i nadále v platnosti a dopadá na projekty výzkumu a vývoje, ke kterým je uplatňován odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění do účinnosti zákona č. 80/2019 Sb.